Η Προσωρινή Έκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Ρεθύμνου καλύπτει ένα ευρύ χρονολογικό φάσμα από την Παλαιολιθική περίοδο μέχρι και το τέλος της περιόδου της Ενετοκρατίας, τον 17ο αιώνα μ.Χ. Στεγάζεται σε ένα από τα πιο σημαντικά μνημεία της πόλης του Ρεθύμνου, το ενετικό ναό του Αγίου Φραγκίσκου. Τα εκθέματα προέρχονται από θέσεις της Περιφερειακής Ενότητας Ρεθύμνου και είτε προέρχονται από συστηματικές και σωστικές ανασκαφές είτε από περισυλλογές και παραδόσεις. Στόχος της Προσωρινής Έκθεσης είναι να παρουσιάσει κατά το δυνατόν με εύλυπτο και κατανοητό τρόπο τη διαχρονική ιστορία της Π.Ε. Ρεθύμνου ακολουθώντας μια χρονολογική πορεία και ρίχνοντας παράλληλα φως σε όψεις του ιδιωτικού και δημόσιου βίου, αλλά και της ίδιας της ιστορίας του Αρχαιολογικού Μουσείου Ρεθύμνου.



Η πρώτη προθήκη της έκθεσης, είναι αφιερωμένη, στον Φιλεκπαιδευτικό Σύλλογο και τη συλλογή αρχαιοτήτων του που συγκροτήθηκε στα τέλη του 19ου αιώνα, ως αναφορά στην αρχή του Αρχαιολογικού Μουσείου Ρεθύμνου. Σε αυτές εκτίθενται αγγεία την κλασικής και ελληνιστικής περιόδου καθώς και αντικείμενα αιγυπτιακής και φοινικικής προέλευσης.



Η έκθεση ακολουθεί χρονολογική διάταξη ξεκινώντας από τα παλαιολιθικά και μεσολιθικά εργαλεία που βρέθηκαν στις νότιες ακτές της Π.Ε. Ρεθύμνου και ολοκληρώνεται με αντικείμενα της περιόδου της Ενετοκρατίας. Στην έκεθση αντιπροσωπεύονται όλες οι ιστορικές περίοδοι και παράλληλα μέσα σε κάθε χρονική περίοδο παρουσιάζονται όψεις της καθημερινής ζωής και του δημόσιου βίου, των θρησκευτικών αντιλήψεων και των ταφικών εθίμων. Τα εκθέματα συνοδεύονται από το κατάλληλο πληροφοριακό και εποπτικό υλικό προκειμένου οι επισκέπτες να κατανοούν τις χρονικές περιόδους στις οποίες αντιστοιχούν τα εκθέματα, τη λειτουργία τους και τη σημασία τους για την περίοδο κατά την οποία δημιουργήθηκαν.

Η Προσωρινή Έκθεση ολοκληρώνεται με ενημερωτικό κείμενο που αφορά στην ιστορία του μνημείου που την φιλοξενεί.