Το Βυζαντινό Μουσείο βρίσκεται στο χώρο της ΝΑ ακρόπολης (Ιτς-Καλέ) του κάστρου των Ιωαννίνων. Πρόκειται για διόροφο κτίριο, στο ισόγειο του οποίου στεγάζεται η κεντρική συλλογή του Μουσείου και η οποία φιλοξενεί ευρήματα (γλυπτά, νομίσματα, κεραμεική, εικόνες, βημόθυρα, ευαγγέλια) από τον 4ο έως τον 19ο αιώνα. Η μόνιμη αυτή έκθεση αναπτύσσεται σε επτά αίθουσες που αντιστοιχούν σε τρεις εκθεσιακές ενότητες (Παλαιοχριστιανική, Βυζαντινή, Μεταβυζαντινή), με ευρήματα τα οποία προέρχονται από όλη την Ήπειρο και είναι ενδεικτικά για την ιστορία και την τέχνη της περιοχής της Ηπείρου κατά τις περιόδους αυτές. Παράρτημα του μουσείου αποτελεί η Έκθεση Αργυροχοίας, τέχνης παραδοσιακής και με ξεχωριστή άνθηση στην Ήπειρο, η οποία φιλοξενείται στο λεγόμενο ''θησαυροφυλάκιο''. Εκτίθενται εκκλησιαστικά και κοσμικά έργα προερχόμενα από τις ιδιωτικές συλλογές του Αρχιεπισκόπου Σπυρίδωνα και του γιαννιώτη αργυροχόου Κωνσταντίνου Ιωαννίδη, ενώ πρόσφατα εμπλουτίστηκε με σειρά κοσμημάτων και αντικειμένων, δωρεά της κ. Τ. Βέλλη-Δογορίτη.

Το μουσείο διαθέτει εργαστήριο συντήρησης κεραμεικής, τοιχογραφίας, ψηφιδωτού και λίθου καθώς και αποθηκευτικό χώρο στο υπόγειο υποδοχής των ανασκαφικών ευρημάτων. Επίσης διαθέτει χώρους περιοδικών εκθέσεων και άλλων δραστηριοτήτων και πωλητήριο.

Στόχος του Βυζαντινού Μουσείου Ιωαννίνων είναι η συγκέντρωση, προστασία, μελέτη και προβολή έργων τέχνης και αντικειμένων που καλύπτουν την περίοδο από τον 4ο έως τον 19ο αιώνα. Επίσης να αποτελέσει την καρδιά ενός πολιτιστικού χώρου, να παρακολουθήσει τη δυναμική του χώρου της ακρόπολης αλλά προπάντων να γνωστοποιήσει στο ευρύτερο κοινό την ιστορία της Ηπείρου όπως αυτή αποτυπώνεται στα ευρήματα των ανασκαφών. Παράλληλα να αναδείξει την τέχνη της αγιογραφίας και να αποτελέσει πόλο έλξης με τη διοργάνωση θεατρικών εκδηλώσεων, εκθέσεων, διαλέξεων, εκπαιδευτικών προγραμμάτων. Με αυτόν τον τρόπο το κοινό θα έρθει κοντά με την ιστορία του τόπου του.