Το Μουσείο περιλαμβάνει τρεις αίθουσες με χρονολογική διάταξη:

Στον προθάλαμο Α εκτίθενται ευρήματα από την προϊστορική περίοδο ως την εποχή του Σιδήρου.

Στην αίθουσα Β εκτίθενται ευρήματα της εποχής του Σιδήρου, από το παλιό Γυναικόκαστρο ενώ στην αίθουσα Γ εκτίθενται ευρήματα α) ιστορικών χρόνων β) από παλαιότερες παραδόσεις και ανασκαφές γ) από τον αρχαιολογικό χώρο της Φιλυριάς και δ) αντικείμενα καθημερινής χρήσης από την ανασκαφή του Παλατιανού.