Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Κιμώλου βρίσκεται στην πρωτεύουσα του νησιού, το Χωριό. Η μόνιμη έκθεσή του περιλαμβάνει ευρήματα κυρίως από τις ανασκαφές στο νεκροταφείο της αρχαίας πόλης της Κιμώλου στη θέση "Ελληνικά", αλλά και από παραδόσεις και περισυλλογές από διάφορες θέσεις του νησιού, τα οποία καλύπτουν ένα ευρύ χρονολογικό φάσμα από την Προϊστορική Εποχή έως την Ύστερη Αρχαιότητα.


Το κτήριο στο οποίο στεγάζεται το Μουσείο είναι μία παλαιά διώροφη οικία παραδοσιακής αρχιτεκτονικής, από τις ωραιότερες του Χωριού, με πρόσωπο σε κεντρικό κοινοτικό δρόμο (παλιά Αγορά). Βρίσκεται εντός του παραδοσιακού οικισμού και ανήκει στην πρώτη σειρά οικιών έξω από το ενετικό Κάστρο, που κτίστηκαν μετά το 1821. Στο υπέρθυρο της εισόδου του ισογείου υπάρχει χαραγμένη η χρονολογία 1846. Η καθοριστική εγκατάλειψη της οικίας, όπως λέγεται στο νησί, άρχισε μετά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο, ωστόσο το ισόγειο χρησιμοποιήθηκε μέχρι τη δεκαετία του ΄60 ως μαγαζί-καφενείο. Το 1965 κληροδοτήθηκε στο Υπουργείο Πολιτισμού με σκοπό τη δημιουργία Αρχαιολογικού Μουσείου.


Στο ισόγειο του κτηρίου βρίσκονται οι χώροι υποδομής (χώρος διοίκησης, εργαστήριο συντήρησης, αποθήκη αρχαίων, ξενώνας, WC κοινού). Στον όροφο, έκτασης 85 τ.μ., όπου οδηγεί στενή λίθινη σκάλα, βρίσκονται οι δύο αίθουσες στις οποίες αναπτύσσεται η έκθεση των αρχαίων (αίθουσες Ι και ΙΙ με μικρό χώρο υποδοχής) καθώς και μικρή αίθουσα προβολής.

Τα εκθέματα παρουσιάζονται κατά ενότητες ακολουθώντας μια γενική χρονολογική πορεία, συμπληρώνονται με αντίγραφα και πλαισιώνονται με εποπτικό και πληροφοριακό υλικό, σε μια προσπάθεια να σκιαγραφηθεί μέσα από τα υλικά κατάλοιπα της ανθρώπινης δραστηριότητας το παρελθόν και η πορεία της Κιμώλου στην αρχαιότητα.


Η δημιουργία του Αρχαιολογικού Μουσείου, που επί δεκαετίες αποτελούσε πάγιο αίτημα των Κιμωλίων, σκοπό έχει την προβολή της πολιτιστικής κληρονομιάς του τόπου με τον καλύτερο δυνατό τρόπο, ώστε να αποτελέσει πόλο έλξης για το νησί, συμβάλλοντας αναμφίβολα στην ανάπτυξή του.


Το έργο της αποκατάστασης και μετατροπής του κτηρίου σε Αρχαιολογικό Μουσείο (1995-2001) υλοποιήθηκε με την ευθύνη και επίβλεψη της Δ/νσης Εκτελέσεως Έργων Μουσείων.

Το έργο της οργάνωσης των χώρων του Μουσείου και της μόνιμης έκθεσης των αρχαίων (2003-2005) συγχρηματοδοτήθηκε κατά ποσοστό 75% από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης (Ε.Τ.Π.Α) και κατά 25% από πόρους του Ελληνικού Δημοσίου. Υλοποιήθηκε με το Π.Ε.Π. ΝΟΤΙΟΥ ΑΙΓΑΙΟΥ (Μέτρο: Πολιτιστική Ανάπτυξη και Πολιτιστικός Τουρισμός) του Γ΄ Κ. Π. Σ. 2000 - 2006 και φορέα υλοποίησης το ΥΠ.ΠΟ-ΚΑ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων.


Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Κιμώλου υπάγεται στην αρμοδιότητα της Εφορείας Αρχαιοτήτων Κυκλάδων