Την 3η χιλιετία π. Χ. η Νάξος παρουσιάζει πυκνό πληθυσμό στη δυτική μεριά του νησιού. Στο Πάνορμο βρέθηκαν δείγματα του πολιτισμού των. Στην περιοχή όπου βρίσκεται σήμερα η πόλη της Νάξου βρέθηκε πολεοδομικά ανεπτυγμένος οικισμός με τετράγωνα σπίτια και κεραμοσκεπή.

Περισσότερα ευρήματα υπάρχουν σχετικά με τα νεκροταφεία της περιοχής. Πολλοί τάφοι είναι αριστουργήματα τέχνης και εντοπίζονται χρονικά στο δεύτερο ήμισυ της 3ης χιλιετίας π. Χ.

Βρέθηκαν επίσης πήλινα και μαρμάρινα αγγεία καθώς και μαρμάρινα ειδώλια της προϊστορικής εποχής.

Μετά το τέλος του Κυκλαδικού πολιτισμού ανθεί στον ίδιο χώρο το μαρμάρινο υλικό.

Αργότερα κατά τη 2η χιλιετία π. Χ. όταν αναπτύσσεται ο Μυκηναϊκός πολιτισμός υποχωρεί ο Κυκλαδικός πολιτισμός. Όταν κατά το 1400 π.Χ. υποχωρεί η Κρήτη, η Νάξος βοηθάει στο να εξαπλωθεί ο μυκηναϊκός πολιτισμός προς την Ανατολή. Ο πληθυσμός της Νάξου μετατοπίζεται προς τα βορειοδυτικά προς την κυρίως Ελλάδα. Έτσι σχηματίζεται η πόλη Γρόττα μέχρι περίπου το 1000 π.Χ. Γύρω στον 7ο αιώνα π.Χ. σχηματίστηκε μία κοινωνία με πλουσίους που βρίσκονταν πάνω στο λόφο του σημερινού Κάστρου της Χώρας. Οι άνθρωποι ζούσαν από τη γεωργία, την κτηνοτροφία, την αλιεία και το εμπόριο.

Το 734 π.Χ. δίνει το στόλο της στη φιλική Χαλκίδα για την αποστολή αποίκων στη Δύση και σ' αντάλλαγμα εξασφαλίζει να δοθεί το όνομά της σε μία από τις νέες πόλεις. Έτσι προκύπτει η Νάξος Σικελίας. Υπήρξαν αγώνες εναντίων των γύρω νησιών ιδιαίτερα εναντίον της Πάρου. Σ' έναν από αυτούς σκοτώθηκε ο μεγάλος ποιητής της Πάρου ο Αρχίλοχος.

Η λατρεία στο θρησκευτικό κέντρο της Δήλου επηρέασε τη Νάξο. Τα παλιότερα οικοδομήματα και τα περισσότερα από τα σημαντικότερα αφιερώματα στη Δήλο είναι ναξιακά. Ο δήμος των Ναξίων αφιερώνει πολύτιμα μνημεία στον Απόλλωνα της Δήλου, όπως η Σφίγγα. Το μάρμαρο είναι ένα άφθονο υλικό στη Νάξο και εξάγεται στη Δήλο για τα μεγάλα έργα. Για την τελική λείανση αυτών των έργων χρησιμοποιείται το σμυρίγλι κατεξοχήν προϊόν της Νάξου.

Στη Νάξο συναντούμε ανδρικά γυμνά και γυναικεία ντυμένα αγάλματα. Η Άρτεμις του Εθνικού Μουσείου (γύρω στο 650 π.Χ.), ο μαρμάρινος Απόλλωνας στη Δήλο, τα πελώρια λιοντάρια στη Δήλο όπως και οι δύο κούροι στις Μέλανες και ο Διόνυσος στον Απόλλωνα που έχει μήκος 10 μέτρα είναι μερικά από τα έργα τέχνης στη Νάξο. Έμφαση πρέπει επίσης να δοθεί και στον οίκο των Ναξίων στη Δήλο, 7ος π.Χ. αιώνα που είναι το σημαντικότερο οικοδόμημα στο ιερό νησί.

Μέχρι και σήμερα έρχονται ευρήματα με ενδιαφέρον στο φως, όπως ο ναός της Δήμητρας.