Η έκθεση αναπτύσσεται σε πέντε αίθουσες, κάθε μία από τις οποίες φιλοξενεί από μία θεματική ενότητα, με ευρήματα από τη Σάμη και την ευρύτερη περιοχή της, η οποία ταυτίζεται με εκείνη που θεωρείται ότι ήλεγχε ως πόλη κράτος της κλασικής και ελληνιστικής περιόδου.

Στην πρώτη ενότητα παρουσιάζεται η διαχρονική κατοίκηση της Σάμης από την πρώιμη Εποχή του Χαλκού έως τους πρώιμους βυζαντινούς χρόνους. Εκτίθενται ευρήματα από τη Σάμη που αποδεικνύουν την αδιάκοπη ανθρώπινη δράση στην ευρύτερη περιοχή της από την εποχή του Χαλκού και παράλληλα, δίνονται πληροφορίες για την εξέλιξη της πόλης στο χρόνο. Εκτίθενται δείγματα της επιγραφικής και της γλυπτικής, τα περισσότερα εκ των οποίων θα κοσμούσαν δημόσιους χώρους της πόλης. Επίσης, περιλαμβάνονται αντικείμενα που σχετίζονται με τα οικιστικά κατάλοιπα και ενημερώνεται ο επισκέπτης για τρόπους δόμησης, που ακολουθούνταν τόσο στη Σάμη, όσο και την πόλη Πάνορμο.

Στη δεύτερη, ιστορείται ο ρόλος του υγρού στοιχείου στην πόλη Τονίζεται ο ρόλος του ιδιαίτερα για τη ρωμαϊκή πόλη, όπου εντοπίζονται σημαντικές εγκαταστάσεις που σχετίζονται με τη χρήση του νερού, όπως μία κρήνη και λουτρικά συγκροτήματα, τα κατάλοιπα των οποίων καταλαμβάνουν ένα μεγάλο τμήμα της Σάμης. Για το λόγο αυτό δημιουργήθηκε αναπαραγωγή τμήματος υπόκαυστου χώρου σε συνδυασμό με αναπαράσταση διαδικασίας λουτρού. Μάλιστα, το εποπτικό υλικό δίνει την ευκαιρία στον επισκέπτη να ενημερωθεί για τα λουτρά τόσο της Σάμης, όσο και του Φισκάρδου. Παράλληλα, η σημασία της θάλασσας για τους κατοίκους της Σάμης και της πόλης Πανόρμου γίνεται αντιληπτή στην ενότητα «Θαλάσσιες μεταφορές ? Ενάλιες ανασκαφές». Εκτίθενται ενάλιοι αμφορείς, αμφορείς που προέρχονται από τη θαλάσσια περιοχή της Σάμης, της Αγίας Ευφημίας και του Φισκάρδου, με εμφανή πάνω τους τα σημάδια της μακρόχρονης παραμονής τους στο βυθό της θάλασσας και βεβαιώνουν τη σημασία των λιμανιών της ανατολικής και Βόρειας Κεφαλονιάς για το εμπόριο του νησιού.

Η τρίτη αφηγείται διαφορετικές εκφάνσεις της ανθρώπινης δράσης. Eίναι αφιερωμένη στις διαφορετικές πτυχές της καθημερινότητας των κατοίκων της Σάμης και της πόλης Πανόρμου με σκοπό να εξοικειωθεί ο επισκέπτης με τις συνήθειες, τις επιλογές και τις δραστηριότητες των κατοίκων των δύο πόλεων.

Συγκεκριμένα, παρουσιάζονται ευρήματα, από τα οποία αντλούνται στοιχεία για τις θρησκευτικές δοξασίες, τον πόλεμο, το γυμνάσιο, τον αθλητισμό, το συμπόσιο και τη μαγειρική, τις παραγωγικές δραστηριότητες και την οικοτεχνία, τις συναλλαγές και γενικότερα την οικονομία και τον καλλωπισμό και την υαλουργία, το γυάλινο κόσμο, που αποκαλύπτεται από τα πολυάριθμα και ποικίλα γυάλινα αντικείμενα της έκθεσης.



Στην τέταρτη ενότητα, πολυάριθμα ευρήματα ανασυνθέτουν ταφικές πρακτικές των Σαμαίων και των Πανορμιτών και πληροφορούν τον επισκέπτη για τις ταφικές πρακτικές των Σαμαίων και των Πανορμιτών, μεταφέροντάς του τα αισθήματα των ζώντων για τα αγαπημένα τους πρόσωπα, που χάθηκαν, και την αγωνία τους να τους αποχαιρετήσουν με το δέοντα τρόπο. Διαπιστώνεται ότι τα αντικείμενα που παίρνουν μαζί τους οι νεκροί, ενίοτε, χαρακτηρίζουν τους ίδιους, αλλά και τους αγαπημένους τους, που τα επέλεξαν για να τους αποχαιρετήσουν. Η αναπαράσταση τμήματος ενός ρωμαϊκού μαυσωλείου της πόλης Πανόρμου σκοπό έχει να εξηγήσει με εύληπτο τρόπο την αρχιτεκτονική του μνημείου και παράλληλα τη σημασία των ταφικών μνημείων για την πόλη. Τέλος, οι πρωτότυπες σαρκοφάγοι από μαυσωλείο του νεκροταφείου της ίδιας πόλης, που εκτίθενται στη Συλλογή, μεταφέρουν ένα τμήμα του στην έκθεση.



Τέλος, η αίθουσα 5 είναι αφιερωμένη στις πολυμεσικές εφαρμογές και τα εκπαιδευτικά προγράμματα. Με τη χρήση κάσκας εικονικής πραγματικότητας (VR HMD All in One) ή οθόνης και χειριστηρίου επιτυγχάνεται η εικονική περιήγηση του χρήστη στα λουτρά της Σάμης και της πόλης Πανόρμου. Σε διάφορα σημεία ενδιαφέροντος, στην περίπτωση των λουτρών του Φισκάρδου, παρέχονται οι σχετικές πληροφορίες ή στην περίπτωση των λουτρών της Σάμης ο χρήστης καλείται να απαντήσει σε σχετικές ερωτήσεις.

Ένα κινούμενο σχέδιο με θέμα την κρήνη της ρωμαϊκής Σάμης προσπαθεί με απλό και διασκεδαστικό τρόπο να εξηγήσει στους μικρούς επισκέπτες της έκθεσης τη χρήση και τη σημασία της για την πόλη. Ο μικρός Μεμάς είναι η αφορμή για να ξεκινήσουν όλα?