Το Μουσείο της αρχαίας Ελεύθερνας δημιουργήθηκε, υπό την εποπτεία του Καθηγητή Ν. Σταμπολίδη, για να στεγάσει τα ευρήματα από τις ανασκαφές του Πανεπιστημίου Κρήτης, που διενεργούνται τα τελευταία τριάντα και πλέον χρόνια. Πρόκειται για διώροφο σύγχρονο κτίριο περίπου 1800 τ.μ. Στον πρώτο όροφο στεγάζονται αποθηκευτικοί χώροι- εργαστήρια, με σύγχρονο και ειδικό εξοπλισμό για τη συντήρηση, σχεδίαση, φωτογράφιση, ανασύνθεση, τεκμηρίωση και μελέτη του πολυποίκιλου αρχαιολογικού υλικού. Στον δεύτερο όροφο αναπτύσσονται το αίθριο, το φυλάκειο και ο χώρος των εκθέσεων στα κεντρικά και τα βόρεια καθώς και το κέντρο μελέτης στα νότια. Στην αίθουσα Α εκτίθενται ευρήματα που σχετίζονται με τον ιδιωτικό και δημόσιο βίο της πόλης από τα Προϊστορικά έως τα Βυζαντινά χρόνια, καθώς και τέχνεργα από το Αιγαίο, τη Μ. Ασία, την Κύπρο, τη Φοινίκη, τις ακτές της Συροπαλαιστίνης, την Αίγυπτο και την Ιταλική χερσόνησο. Στην αίθουσα Β παρουσιάζονται η θρησκευτική ζωή και οι λατρείες της πόλης από την Πρώιμη Εποχή του Σιδήρου έως και τους Χριστιανικούς χρόνους. Ακολουθούν το ηρώο-ιερό ή κενοτάφιο και η ιστορία της Κόρης της Ελεύθερνας και της Κυρίας της Ωσέρ. Στην αίθουσα Γ, κυριαρχεί ο Κάτω Κόσμος, οι ιδέες, οι πίστεις, οι δοξασίες καθώς και ταφικές πρακτικές της Πρώιμης Εποχής του Σιδήρου μέσα από τα ευρήματα του νεκροταφείου της Ορθής Πέτρας. Ο άμεσος περιβάλλων χώρος του Μουσείου περιλαμβάνει τις εισόδους, τους χώρους στάθμευσης, τους κήπους, ένα φυσικό υπαίθριο θέατρο και αυλές. Πετρόκτιστα μονοπάτια οδηγούν στην πίσω πλευρά του κτιρίου και στην μεγάλη αυλή, ενώ προσεχώς θα προστεθεί κυλικείο και πωλητήριο αντιγράφων.