Στην "αίθουσα υποδοχής του αρχοντικού του πύργου του Γαβρά", γνωστή ως "σάλα του Γαβρά", στο "ανώ(γ)ϊ", εκτίθενται κυρίως γλυπτά, αγάλματα και ανάγλυφα, χρονολογούμενα από την Αρχαϊκή περίοδο, τον 6ο π.Χ. αιώνα, έως και την Ρωμαιοκρατία, τον 2ο μ.Χ. αιώνα. Όλα σχεδόν τα εκθέματα είναι επιφανειακά ευρήματα από τις τρεις αρχαίες πόλεις της Αμοργού, Αιγιάλη, Αρκεσίνη και Μινώα καθώς και από άλλες θέσεις. Ελάχιστα προέρχονται από την ανασκαφή της πόλεως της Μινώας.

Σε Προθήκη εκτίθενται προσωρινά λιγοστά δείγματα μικροτεχνικής παραγωγής από διάφορα υλικά, πηλό, χαλκό, χρυσό, ελεφαντοστούν, ύαλο κτλ. Σχεδόν όλα βρέθηκαν στην ανασκαφή της Μινώας (1981-1991). Χρονολογούνται από τον 8ο π.Χ. έως τον 3ο μ.Χ. αιώνα. Στην "Αυλή" εκτίθενται λίθινες εγχάρακτες, ενεπίγραφες πλάκες των αρχαϊκών χρόνων, αρχιτεκτονικά μέλη και ακέφαλοι κορμοί αγαλμάτων των Ρωμαϊκών χρόνων, όλα επιφανειακά ευρήματα.

Στό "Κατώ(γ)ϊ", στον αύλειο χώρο, η Έκθεση περιλαμβάνει κυρίως επιφανειακά ευρήματα:

Επιγραφές: επιτάφιες, χρονολογούμενες από τον 6ο π.Χ. αιώνα έως τους Χριστιανικούς χρόνους, αναθηματικές και τιμητικά ψηφίσματα των Ελληνιστικών χρόνων και της Ρωμαιοκρατίας.

Ανάγλυφα και αγάλματα, Κλασσικών, Ελληνιστικών και Ρωμαϊκών χρόνων.

Αρχιτεκτονικά μέλη Ελληνιστικών, Ρωμαϊκών και Παλαιοχριστιανικών χρόνων.

Ταφικό πίθο του 4ου π.Χ. αιώνα.

Στις δύο μικρές αίθουσες, η έκθεση ολοκληρώθηκε εντός του 1998. Στην αίθουσα 1 (αριστερά) εκτίθενται αντικείμενα των Προϊστορικών χρόνων, τυχαία, επιφανειακά και ανασκαφικά ευρήματα, χρονολογούμενα στην Ύστερη Νεολιθική περίοδο, 4η π.Χ. χιλιετία, στην Πρώϊμη Εποχή του Χαλκού, 3η π.Χ. χιλιετία, και στην Ύστερη Εποχή του Χαλκού, 13ος-12ος π.Χ. αιώνας:

Κεραμική

Μαρμάρινα ειδώλια του Κυκλαδικού Πολιτισμού

Λιθόκτιστος τάφος του Κυκλαδικού Πολιτισμού

Στρωματογραφική τομή από την ανασκαφή του Κυκλαδικού οικισμού στην Μαρκιανή.

Όλα τα αντικείμενα προέρχονται από την Αμοργό και χρονολογούνται από την 3η π.Χ. χιλιετία έως τον 3ο μ.Χ. αιώνα:

Γλυπτά,αγάλματα και ανάγλυφα (5ος π.Χ.-2ος μ.Χ. αιώνας)

Επιγραφές (3ος π.Χ.-3ος μ.Χ. αιώνας)

Κεραμική και πήλινα αντικείμενα (8ος π.Χ.-3ος μ.Χ. αιώνας)