Η σημερινή έκθεση περιλαμβάνει εννέα αίθουσες: στις έξι από αυτές εκτίθενται τα γλυπτά και τα ανάγλυφα που βρέθηκαν στην Δήλο, μία από τις καλύτερες συλλογές στον κόσμο. Δύο αίθουσες περιλαμβάνουν αγγεία προϊστορικών έως και υστεροελληνιστικών χρόνων και σε μία άλλη εκτίθενται διάφορα μικροαντικείμενα που βρέθηκαν στις ιδιωτικές κατοικίες της Δήλου. Η έκθεση δεν έχει ακόμη ολοκληρωθεί.

Συλλογές που περιλαμβάνει :

Επιτύμβια αγάλματα καί στήλες του 7ου - 1ου αιώνα π.Χ.

Αγγεία των μέσων της 3ης χιλιετίας - 1ου αιώνα π.Χ.

Ειδώλια του 2ου - 1ου αιώνα π.Χ.

Κοσμήματα και μικροαντικείμενα του 2ου - 1ου αιώνα π.Χ.

Ψηφιδωτά του 2ου/1ου αιώνα π.Χ.