Στεγαζεται σε νεοκλασικό κτήριο, έργο του Ε. Τσίλλερ, που κτίστηκε το 1870. Επισκευάστηκε από αρχιτέκτονες της ΚΑ' Εφορείας Αρχαιοτήτων Κυκλάδων και λειτουργεί ως μουσείο από το 1985.

Το Μουσείο περιλαμβάνει τις εξής συλλογές:

- Προϊστορική συλλογή από τη Φυλακωπή,

- Συλλογή γλυπτών και αναγλύφων,

- Συλλογή οψιανού,

- Συλλογή επιγραφών.