Η έκθεση του Μουσείου αφορά αποκλειστικά στα ευρήματα του αρχαιολογικού χώρου της Νικόπολης και όχι στη Συλλογή μιας ευρύτερης περιοχής, γεγονός που καθορίζει σε μεγάλο βαθμό την κεντρική ιδέα της έκθεσης. Επομένως, ένας από τους πρωταρχικούς παράγοντες είναι η σύνδεση της Έκθεσης και του Μουσείου με τον αρχαιολογικό χώρο της Νικόπολης. Η εικόνα του χώρου κρίνεται απαραίτητο να βρίσκεται διαρκώς στο μυαλό του επισκέπτη, καθώς με τον τρόπο αυτό επιτυγχάνεται η πληρέστερη κατανόηση της έκθεσης, ανεξαρτήτως του αν η επίσκεψη στον αρχαιολογικό χώρο προηγείται ή έπεται. Η σύνδεση του Μουσείου με τον αρχαιολογικό χώρο και τα μνημεία πραγματοποιείται στο χώρο υποδοχής του Μουσείου καθώς και σε σημεία της Έκθεσης με οπτικοακουστικό υλικό.

    Σε αυτό το πλαίσιο προβάλλεται η μεγαλοπρεπής ρωμαϊκή Νικόπολη, ως η πόλη-σύμβολο μιας μεγαλειώδους νίκης, που ιδρύθηκε για να επιδείξει την ισχύ του Οκταβιανού Αυγούστου. Ταυτόχρονα παρουσιάζεται η παλαιοχριστιανική πόλη, που μεταβάλλεται με την κατάρρευση των ρωμαϊκών συνόρων, τη μεταφορά της πρωτεύουσας της Αυτοκρατορίας από τη Δύση στην Ανατολή και την επικράτηση του Χριστιανισμού, ανασυντάσσεται κατά την παλαιοχριστιανική περίοδο και ανακτά το μεγαλοπρεπή χαρακτήρα της, αποτελώντας καίριο θρησκευτικό και διοικητικό κέντρο.

    Καθώς τα όρια ανάμεσα στο ρωμαϊκό και τον παλαιοχριστιανικό κόσμο είναι συμβατικά και ο απόλυτος διαχωρισμός των δύο περιόδων με την αντίστοιχη κατανομή των ευρημάτων σχεδόν αδύνατος, επιλέγεται η εξελικτική (χρονολογικά και θεματικά) παρουσίασή τους μέσα στις δύο κύριες αίθουσες του Μουσείου, την αίθουσα Α και την Αίθουσα Β.

    Πριν την είσοδο στην αίθουσα Α, στο Διάδρομο Α, αναπτύσσεται το Χρονολόγιο, με τα σημαντικότερα γεγονότα που συνέβησαν από το θάνατο του Μ. Αλεξάνδρου έως την ίδρυση της Νικόπολης (28 π.Χ.).

    Στην Αίθουσα Α, μέσα από αρχιτεκτονικά μέλη (κιονόκρανα, θωράκια), βωμούς, αγάλματα και προτομές, καθώς και από νομίσματα, κεραμικά, γυάλινα και μεταλλικά αντικείμενα, παρουσιάζεται αρχικά η ίδρυση της πόλης και, στη συνέχεια, η εξέλιξή της κατά τη ρωμαϊκή και την παλαιοχριστιανική εποχή, μέχρι την παρακμή και την εγκατάλειψή της. Η Έκθεση αναπτύσσεται μέσω ενός τριμερούς σχήματος: α. Η ναυμαχία του Ακτίου και το Μνημείο της Νίκης του Αυγούστου, β. Η Ρωμαϊκή Πόλη και οι Υποδομές της και γ. Η μετάβαση στην Παλαιοχριστιανική Πόλη και οι πρώιμοι βυζαντινοί χρόνοι, μέσα από το οποίο παρουσιάζεται ο συνοικισμός της Νικόπολης, η νομισματοκοπία, τα δημόσια κτίρια, η λατρεία, ο δημόσιος βίος, η μετάβαση στη νέα εποχή, ο θρησκευτικός βίος και οι Βασιλικές της Νικόπολης.

    Στην Αίθουσα Β προβάλλονται διαχρονικά οι επιμέρους τομείς και οι εκφάνσεις του βίου των κατοίκων της Νικόπολης, όπως η εμπορική και βιοτεχνική δραστηριότητα, η καθημερινή ζωή, οι δραστηριότητες και οι συνήθειες των ανθρώπων, καθώς και η στάση τους απέναντι στο θάνατο. Διαμορφώνεται ένα είδος νοητού "περιπάτου" του επισκέπτη, δίνοντας την αίσθηση ότι περιέρχεται μέσα από το λιμάνι, τα εργαστήρια, τα σπίτια και, τέλος, τα νεκροταφεία της πόλης. Εκτίθενται αμφορείς, πλίνθοι, αγγεία καθημερινής χρήσης και οικοσκευή, κοσμήματα και σκεύη καλλωπισμού, εργαλεία, παιχνίδια καθώς και ταφικά σύνολα με σαρκοφάγους και τεφροδόχα γυάλινα και πήλινα αγγεία.