Η Προσωρινή Έκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Ρεθύμνου περιλαμβάνει περίπου 1000 εκθέματα από την Π.Ε. Ρεθύμνου που χρονολογούνται από την Παλαιολιθική περίοδο μέχρι και τον 17ο αι. μ.Χ. Επίσης περιλαμβάνει αντικείμενα από τη Συλλογή του Φιλεκπαιδευτικού Συλλόγου Ρεθύμνου που σχηματίστηκε στο β΄ μισό του 19ου αιώνα και αποτέλεσε τον πυρήνα του Αρχαιολογικού Μουσείου.

Η έκθεση διαρθρώνεται με άξονα τη χρονολογική ακολουθία και αποσκοπεί στην παρουσίαση της διαχρονικής ιστορίας του τόπου. Παράλληλα μέσα από την επιλογή των εκθεμάτων παρουσιάζονταιν όψεις της καθημερινής ζωής, του δημόσιου βίου και των ταφικών εθίμων της κάθε περιόδου. Στα σημαντικότερα εκθέματα της προσωρινής έκθεσης συγκαταλέγονται:

1. Παλαιολιθικά εργαλεία από τις νότιες ακτές της Περιφερειακής Ενότητας που χρονολογούνται στα 130.000 χρόνια πρίν από σήμερα, από τα πρωιμότερα του ελλαδικού χώρου

2. Σφραγίσματα και ομοίωμα οικίσκου από το Μινωικό Παλαιοανακτορικό κέντρο του Μοναστηρακίου

3. Ευρήματα από την Μινωική Νεοανακτορική εγκατάσταση της Ζωμίνθου που παρουσιάζονται για πρώτη φορά

4. Λάρνακες και κτερίσματα από την Υστερομινωϊκή ΙΙΙ νεκρόπολη των Αρμένων, τη μεγαλύτερη σε έκταση ανασκαμένη νεκρόπολη της περιόδου στην Κρήτη

5. Κρατήρας από τη Σύβριτο με την αρχαιότερη εικονιστική παράσταση χορού πολεμιστών που χρονολογείται στον 10ο αιώνα

5. Πώρινα γλυπτά της Αρχαϊκής περιόδου από τις πόλεις της Αξού, της Ελεύθερνας και την αταύτιστη πόλη στην Ονιθέ

6. Γυάλινα και χάλκινα αντικείμενα της Ρωμαϊκής περιόδου από διάφορες θέσεις και το ναυάγιο της Αγίας Γαλήνης

7. Τοιχογραφίες από το ναό της Παναγίας στην Πατσώ χρονολογούμενες στον 14ο αιώνα μ.Χ.

8. Γλυπτά της Ενετικής περιόδου χρονολογούμενα στον 16ο αιώνα μ.Χ. με επιρροές από τη δυτική τέχνη