Περιλαμβάνει τις εξής αίθουσες:

- Α' Αίθουσα: Η αρχιτεκτονική του Ιερού των Μεγάλων Θεών

- Β' Αίθουσα: Αρχαία πόλη, Νεκροπόλεις

- Γ' Αίθουσα: Η είσοδος στο Ιερό

- Δ' Αίθουσα: Μύηση και Αναθήματα

- Ε' Αίθουσα: Η πολιτιστική τροχιά του νησιού

- Αίθριο: Επιγραφική μαρτυρία