Το συγκρότημα του Μουσείου περιλαμβάνει δύο κτίρια:

Α)Το Νέο Μουσείο περιέχει τις εξής συλλογές:

Προϊστορική συλλογή: Περιλαμβάνει κεραμική, ειδώλια και εργαλεία νεολιθικής, μινωικής και μυκηναϊκής εποχής.

Kλασική συλλογή: Περιλαμβάνει κεραμική, επιγραφές, ειδώλια και γλυπτά από το Δάμο και το ιερό του Δαλίου Απόλλωνος, ελληνιστικά γλυπτά καθώς και περίτεχνα έργα χαλκοπλαστικής.



B)Το αρχοντικό Βουβάλη, το οποίο παραμένει κλειστό για λόγους συντήρησης. Το αρχοντικό ανήκε στην οικογένεια Βουβάλη, γνωστή οικογένεια σπογγαλιέων του νησιού. Κτίστηκε στα μέσα του 19ου αιώνα και εγκαινιάστηκε το 1894. Περιλαμβάνει τα ακόλουθα:

Αναπαράσταση εσωτερικού αρχοντικού του 19ου αιώνα. Θα διαμορφωθεί κατάλληλα η τραπεζαρία, το καθιστικό, οι αποθηκευτικοί χώροι, τα δωμάτια υπηρεσίας και το φωτογραφικό αρχείο της οικίας Bουβάλη.

Η ιδιωτική αρχαιολογική συλλογή Bουβάλη. περιλαμβάνει κεραμική, λυχνάρια και μικροαντικείμενα της ελληνιστικής κυρίως περιόδου.