Το μουσείο περιλαμβάνει τις εξής συλλογές εκθεμάτων:

1. Βυζαντινή - Μεσαιωνική συλλογή. Βυζαντινά, ενετικά και τουρκικά γλυπτά και επιγραφές, τοιχογραφίες (ΙΓ' - ΙΣΤ' αιώνα), εκκλησιαστικά σκεύη και άμφια, ξυλόγλυπτα, νομίσματα, κοσμήματα και μικροτεχνήματα της βυζαντινής και ενετικής περιόδου καθώς και ο μοναδικός στην Κρήτη πίνακας (΄Αποψη του ΄Ορους και της Μονής Σινά, 1570 περίπου) του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου (El Greco).

2. Ιστορική συλλογή. Κειμήλια των κρητικών επαναστάσεων του ΙΘ' αιώνα και της Κρητικής Πολιτείας (1898 - 1913). Σημαίες, όπλα, προσωπογραφίες αγωνιστών, κοσμήματα, χαλκογραφίες, έπιπλα, ενδυμασίες, χάρτες, ενθύμια. Επίσης ιστορικά έγγραφα και φωτογραφικό αρχείο.

3. Λαογραφική συλλογή. Εκατοντάδες αντιπροσωπευτικά δείγματα της κρητικής λαϊκής τέχνης (υφαντά, κεντήματα, δαντέλες, ενδυμασίες, κοσμήματα, μικροτεχνήματα, μουσικά όργανα κ.λ.π.). Αναπαράσταση ενός παλαιού κρητικού χωριάτικου σπιτιού.

4. Αίθουσα Νίκου Καζαντζάκη. Το γραφείο, η βιβλιοθήκη, προσωπικά ενθύμια και χειρόγραφα πολλών έργων του μεγάλου συγγραφέα.

5. Αίθουσα Τσουδερού. Το γραφείο, η βιβλιοθήκη και τα προσωπικά ενθύμια του Πρωθυπουργού της Μάχης της Κρήτης, χαλκογραφίες, χάρτες, σπάνιες εκδόσεις και μια συλλογή κρητικών γραμματοσήμων.