Η μόνιμη συλλογή του Μακεδονικού Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης ξεπερνά πια τα 1800 έργα ελλήνων και ξένων καλλιτεχνών και μέρος της παρουσιάζεται πάντα στις νέες του πτέρυγες. Οι δωρεές συλλεκτών, καλλιτεχνών, ιδιοκτητών αιθουσών τέχνης και ιδιωτών το εμπλουτίζουν διαρκώς: μετά τον Αλ. Ιόλα, οι Franz Geierhaas, Μάγδα Κοτζιά, Α. και Δ. Ξύδη, Γ. Απέργης, Ν., Α. και Ξ. Σαχίνης είναι μεγάλοι δωρητές του ΜΜΣΤ.

Εκτός από την έκθεση της μόνιμης συλλογής, πάνω από 100 επιλεγμένες εκθέσεις ελλήνων και ξένων καλλιτεχνών έχουν διοργανωθεί από το ΜΜΣΤ μέχρι σήμερα: αναδρομικές των Τσαρούχη, Τσόκλη, Κόντογλου, Χατζηκυριάκου-Γκίκα, Κοκκινίδη, Φασιανού, Σπυρόπουλου, Ψυχοπαίδη, Παύλου, Κεσσανλή, Ακριθάκη, Warhol, Κατζουράκη, Περδικίδη παρουσιάστηκαν για πρώτη φορά στον ελληνικό χώρο. Επίσης, εκθέσεις έργων του Fluxus, των R. και S. Delaunay, Μatta, Viallat, Beuys, Uecker, Greenaway, Hockney, Ernst, Barlach, Beckmann, Ζερβού, Κανιάρη, Βαρώτσου, Τάκι, Μολφέση, Λαζόγκα, Παπαδημητρίου, Αντωνάκου, Ζογγολόπουλου, Μυταρά, Τριανταφύλλου, Οικονομόπουλου, Λουκόπουλου, Αληθεινού, Θεόδουλου και πολλών ακόμη καθόρισαν την εκθεσιακή δράση του ΜΜΣΤ. Πάνω από 50 δίγλωσσοι κατάλογοι έχουν εκδοθεί από το ΜΜΣΤ με την ευκαιρία διοργάνωσης ατομικών ή ομαδικών εκθέσεων.

Το ΜΜΣΤ οργανώνει εκπαιδευτικά προγράμματα για τις περιοδικές του εκθέσεις, τη μόνιμη συλλογή του, αλλά και για άλλους εικαστικούς φορείς. Δεκάδες χιλιάδες παιδιών, με τη συμμετοχή μουσειοπαιδαγωγών, ψυχαγωγήθηκαν μαθαίνοντας. Καθιερώνει τις ελεύθερες ξεναγήσεις για το κοινό και, στο πλαίσιο προγραμμάτων της Ευρωπαϊκής Ένωσης, συνεργάζεται με άλλα μουσεία με στόχο τη διερεύνηση οργάνωσης εκπαιδευτικών προγραμμάτων για ενήλικες.

Διαλέξεις, συζητήσεις για θέματα αισθητικής, ιστορίας τέχνης, οργάνωσης μουσείων και συλλογών, παρουσιάσεις βιβλίων και καλλιτεχνικών projects, συναντήσεις με τους ίδιους τους καλλιτέχνες, happenings και bazaar αποτελούν παράλληλες δραστηριότητες του ΜΜΣΤ.

Η βιβλιοθήκη της περιλαμβάνει 2.500 τίτλους βιβλίων και περιοδικών με ιδιαίτερη έμφαση στη ζωγραφική, τη γλυπτική, τη χαρακτική, την αρχιτεκτονική και τη φωτογραφία, όλους τους καταλόγους που έχει εκδόσει το ΜΜΣΤ, οπτικοακουστικό υλικό, καθώς και το αρχείο καλλιτεχνών του Μουσείου, που είναι στη διάθεση του κοινού.