Στο σωζόμενο καθολικό της Μονής και στο παρεκκλήσι των Αγ. Δέκα λειτουργεί σήμερα υπό την αιγίδα του Επικοινωνιακού και Μορφωτικού Τμήματος της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης, έκθεση αντιπροσωπευτικών έργων βυζαντινής και μεταβυζαντινής τέχνης.

Μεταξύ αυτών εξέχουσα θέση κατέχουν οι εικόνες που αποδίδονται στον ζωγράφο 'Αγγελο, έναν από τους διασημότερους καλλιτέχνες του 15ου αιώνα, ή στον κύκλο του, καθώς επίσης το σύνολο των έξι εικόνων του Μιχαήλ Δαμασκηνού, που συγκαταλέγονται ανάμεσα στα πλέον σημαντικά έργα της κρητικής σχολής, του 16ου αιώνα.

Στη Συλλογή της Αγ. Αικατερίνης, η 13η Εφορεία Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Αρχαιοτήτων Κρήτης έχει επίσης συμπεριλάβει αποτοιχισμένες τοιχογραφίες από το ναό του Μιχαήλ Αρχαγγέλου στα Πρεβελιανά Μονοφατσίου, από το ναό της Παναγίας στην Πατσό Αμαρίου και από άλλα μνημεία του νησιού.

Εκτίθενται οι εξής συλλογές:

- Εικόνων,

- Εκκλησιαστικών βιβλίων και χειρογράφων,

- Αμφίων,

- Εκκλησιαστικών σκευών και κειμηλίων,

- Τοιχογραφιών,

- Ξυλογλύπτων,

- Γλυπτών.