Στις συλλογές της Μονής περιλαμβάνονται:

- Συλλογή εικόνων,

- Συλλογή κωδικών.

Από τα σημαντικότερα εκθέματα της Μονής είναι:

- Άγιος Ιωάννης Θεολόγος, 1500 περίπου. Φορητή εικόνα Κρητικής Σχολής,

- Δευτέρα Παρουσία, έργο του Εμμανουήλ Σκορδίλη, 17ος αιώνας. Φορητή εικόνα Κρητικής Σχολής,

- Χειρόγραφο ειλητάριο σε περγαμηνή, που περιέχει τη λειτουργία του Μ. Βασιλείου, γραμμένο και στις δύο πλευρές, σώζεται σε πολλά μικρά κομμάτια,

- Ρίζα Ιεσσαί. Φορητή εικόνα, 1853,

- Ιστορία του Παγκάλου Ιωσήφ. Φορητή εικόνα, 1858,

- Φιλοξενία του Αβραάμ. Φορητή εικόνα, 1855,

- Εις Άδου Κάθοδος. Φορητή εικόνα, 1855,

- Ζωοδόχος Πηγή. Εικόνα του 17ου αιώνα. Πιθανόν έργο του σημαντικού Χανιώτη ζωγράφου Εμμανουήλ ιερέα Σκορδίλη,

- Χριστός Βασιλεύς της δόξης,

- Άγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος και σκηνές του βίου του. Εικόνα τέμπλου, 1846.