Το Μουσείο της Μονή Τοπλού περιλαμβάνει τις εξής συλλογές:

- Συλλογή Κρητικών εικόνων,

- Συλλογή χαρακτικών.

Τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου της Μονής είναι:

- Παναγία η Αμίαντος, 15ος αιώνας. Φορητή εικόνα,

- Χριστός Παντοκράτωρ, 15ος αιώνας. Έργο του ζωγράφου Ανδρέα Ρίτζου (;) Φορητή εικόνα,

- Άγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος και σκηνές του βίου του, 17ος αιώνας. Έργο του Φ. Καβερτζά. Φορητή εικόνα,

- Η Κοίμηση της Θεοτόκου, 15ος αιώνας. Φορητή εικόνα,

- Παναγία η Αμόλυντος, 15ος αιώνας. Φορητή εικόνα,

- Παναγία του Πάθους και Άγιος Νικόλαος, 1642. Φορητή εικόνα,

- Άγιοι Θεόδωροι, 1723. Έργο του ζωγράφου Νικήτα. Φορητή εικόνα,

- Αγία Τριάδα, 17ος αιώνας. Φορητή εικόνα,

- Άγιοι Ιγνάτιος και Σάββας, 17ος αιώνας. Φορητή εικόνα,

- Άγιοι Αθανάσιος, Κύριλλος και Άγιος Ιωάννης ο Ελεήμων, 17ος αιώνας. Φορητή εικόνα.