Το Μουσείο εγκαινιάστηκε την 27 Μαίου 1973, ημερομηνία που συνέπεσε με την 32η επέτειο της μάχης της Κρήτης.

Περιλαμβάνει μακέτες πλοίων, διάφορα ναυτικά όργανα και συσκευές, όπως διαστημόμετρα, βαρόμετρα, ανεμόμετρα, αβάκια πορειών, ταχυτήτων, δίσκους βολής τορπιλλών, επιλέμβιες μαγνητικές πυξίδες, μετεωρολογικά όργανα, εξάντες, ουρανόσφαιρα, όργανα πηδαλιουχίας αντιτορπιλλικού κ.ά.

Επίσης πίνακες ζωγραφικής, προσωπογραφίες, αυθεντικές ιστορικές φωτογραφίες, όπως η φωτογραφία με την ύψωση της Σημαίας της Ένωσης της Κρήτης με την Ελλάδα, στο φρούριο "Φιρκά" Χανίων, την 1η Δεκεμβρίου 1913 κ.ά.

Εκτίθενται ακόμα κειμήλια, όπως στολές και άλλα ενθυμήματα, ηρωϊκά πεσόντων ανδρών του Πολεμικού μας Ναυτικού, όπλα των αποβατικών επιχειρήσεων του 1912-13, πελέκεις των αγημάτων πυρκαϊάς, κρούσεως κ.λ.π.

Όλα τα εκθέματα από τη ναυτική μας παράδοση, είναι ταξινομημένα κατά ιστορικές περιόδους, δηλαδή εποχή χαλκού - Κλασική και Ελληνιστική (2.800 π.Χ.-6ος μ.Χ. αιώνας), Ενετική περίοδος (1200 μ.Χ. μέχρι τον 17ο αι.), Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή (650 μ.Χ. μέχρι τον 18ο αιώνα), Τουρκοκρατία, Αγώνας Ανεξαρτησίας (1650 1909), Βαλκανικοί πόλεμοι (1912 1913), Β' Παγκόσμιος Πόλεμος (1940 - 1944), Μεταπολεμική Περίοδος (1944 και μετά).