Η κρύπτη του ναού του Αγίου Δημητρίου, μετά την ανακάλυψή της (1918), παρέμεινε αρχαιολογικός χώρος. Μετά το 1950 μερικά από τα γλυπτά που διασώθηκαν από την πυρκαγιά τοποθετήθηκαν από τον Στ. Πελεκανίδη στους χώρους που περιβάλλουν την Κρήνη, σε μία προσπάθεια διευθέτησης του χώρου. Κατά το διάστημα 1985 - 88 έγιναν ανασκαφικές εργασίες στα βόρεια διαμερίσματα της Κρύπτης, εργασίες συντήρησης και οργανώθηκε η έκθεση αρχαιοτήτων που διασώθηκαν από την πυρκαγιά ή βρέθηκαν στις ανασκαφές.

Το Μουσείο προετοιμάζει Οδηγό, ενώ ήδη κυκλοφορεί ενημερωτικό φυλλάδιο - οδηγός.

Περιλαμβάνει:

Παλαιοχριστιανικά γλυπτά 5ου αιώνα και 6ου - 7ου αιώνα από τον ναό.

Βυζαντινά γλυπτά από το ναό 11ου - 14 ου αιώνα.

Ανασκαφικά ευρήματα (νομίσματα, κεραμικά) 5ου - 14ου αιώνα.