Το Μουσείο διαθέτει πλούσιες συλλογές αντικειμένων, τα οποία αντιπροσωπεύουν τους εξής κλάδους της λαϊκής τέχνης:

- Υφαντική (κυρίως τα αραχνοΰφαντα μεταξωτά και τα τιριπλένια)

- Κεντητική (κυρίως τα κουκουλάρικα κάδρα και τα ασπροκεντήματα)

- Ενδυμασίες (ανδρικές-γυναικείες νυφικές, γιορτινές, καθημερινές)

- Μεταλλοτεχνία

- Κεραμική

- Ξυλογλυπτική

- Λαϊκή ζωγραφική (έργα G.D?Esposito, Σωτ. Χρυσανθόπουλου).

- Λιθογλυπτική.

Οι συλλογές εκτίθενται στους χώρους του Μουσείου, εμβαδού 450 τ.μ., ως εξής:

- Στο ισόγειο είναι η μεγάλη αίθουσα με τις φορεσιές, τις στολές των πολεμιστών των Βαλκανικών Πολέμων, τα άμφια του αγίου Νεκταρίου, τα ιερά σκεύη, τα ξυλόγλυπτα, τα κοσμήματα και την «αστική γωνιά». Επίσης, η αίθουσα με τα σκεύη οικιακής χρήσης και σε ανεξάρτητες αίθουσες το Γραφείο με τη Βιβλιοθήκη, τα Αρχεία (Φωτογραφικό, Ηχοθήκη, Ταινιοθήκη) και το φωτογραφικό εργαστήριο.

- Στον επάνω όροφο είναι οι αίθουσες που αναπαριστούν το σαλόνι και την κρεβατοκάμαρα στην τυπική τους μορφή, η αίθουσα με τον αργαλειό και τα υφαντά, οι τρεις μικρότερες αίθουσες με τα κεντήματα και τα πλεχτά και η αίθουσα των εντύπων και των φωτογραφιών της Κύμης, καθώς και από τη ζωή του Κυμαίου ευεργέτη της ανθρωπότητας Γ. Παπανικολάου.

- Στο υπόγειο είναι το κηροπλαστείο, ο χώρος της μπουγάδας και το παραδοσιακό κατώγι με το κελάρι και τα γεωργικά εργαλεία. Επίσης, το συντηρητήριο και το κυλικείο.

Στον κήπο του Μουσείου έχει κατασκευαστεί υπαίθριο κυκλικό θέατρο 250 θέσεων, στο οποίο πραγματοποιούνται πολλές εκδηλώσεις κατά τους θερινούς μήνες, όπως θεατρικές παραστάσεις, διαλέξεις, συναυλίες, κινηματογραφικές προβολές. Επίσης, διαθέτει αίθουσα πολλαπλών χρήσεων, η οποία χρησιμοποιείται για εικαστικές εκθέσεις, διαλέξεις, σεμινάρια κ.ά., χρήσεις απαραίτητες και συμπληρωματικές της λειτουργίας του Μουσείου.

Στο χωριό Πύργος Κύμης, στο ιδιόκτητο «Αρχοντικό Χρυσανθόπουλου» σχεδιάζεται να υλοποιηθεί Παράρτημα του Μουσείου. Στους διαμορφωμένους χώρους του ισογείου σχεδιάζεται να φιλοξενηθεί η συλλογή του λαϊκού καλλιτέχνη του 19ου αιώνα Σωτήρη Χρυσανθόπουλου, με το πολυσχιδές ταλέντο σε κοσμικό και θρησκευτικό έργο όπως: εικόνες, τοιχογραφίες, ανάγλυφα, καθώς και η βιβλιοθήκη του, αποτελούμενη από παλαίτυπες εκδόσεις. Ο επάνω όροφος του κτηρίου σχεδιάζεται να χρησιμοποιηθεί για την προβολή, ανάπτυξη και μουσειακή αξιοποίηση των παλαιοντολογικών ευρημάτων της Κύμης, σε συνεργασία με το Τμήμα Γεωλογίας και Γεωπεριβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αθηνών.

Το Μουσείο συνεργάζεται σε μόνιμη βάση ή κατά περίπτωση, με Πανεπιστήμια, το Διεθνές Συμβούλιο των Μουσείων (ICOM), Κέντρα Ερευνών, συναφή Μουσεία, Βιβλιοθήκες, Πινακοθήκες και ιδιώτες επιστήμονες για την πραγματοποίηση των ερευνητικών του στόχων.

Έχει τεκμηριώσει τη συλλογή του, την οποία συντηρεί επιστημονικά και διαθέτει στους επισκέπτες πολύγλωσσο κατατοπιστικό οδηγό. Έχει συμμετάσχει σε εκθέσεις, σε τηλεοπτικές εκπομπές στην Ελλάδα και το εξωτερικό και έχει σημαντική εκδοτική δραστηριότητα. Το μουσείο επισκέπτονται και πολλοί μαθητές, κατά τις οργανωμένες επισκέψεις των σχολείων, συμβάλλοντας σημαντικά στον πολιτιστικό τουρισμό της περιοχής.