Το Εκκλησιαστικό Μουσείο Ιεράς Μητροπόλεως Μαρώνειας και Κομοτηνής στεγάζει τη συλλογή εκκλησιαστικών αντικειμένων (φορητές εικόνες, ιερά σκεύη, ιερατικά άμφια, χειρόγραφα και λειτουργικά βιβλία) τα οποία συγκεντρώθηκαν από τους ναούς της εκκλησιαστικής επαρχίας της οικείας Μητροπόλεως καθώς και από τις δωρεές των προσφύγων οι οποίοι εγκαταστάθηκαν στην περιοχή της Κομοτηνής.

Τα εκθέματα καλύπτουν το χρονικό διάστημα από τον 16ο έως τις αρχές του 20ου αι. και αποτελούν μάρτυρες της μεταβυζαντινής εκκλησιαστικής τέχνης της περιοχής. Σκοπός του μουσείου είναι η περισυλλογή, διαφύλαξη, συντήρηση, έκθεση και προβολή των πάσης φύσης αντικειμένων που προβάλλουν την εκκλησιαστική τέχνη και ιστορία της Ιεράς Μητροπόλεως Μαρώνειας και Κομοτηνής.

Το μουσείο τελεί υπό την άμεση εποπτεία της Ιεράς Μητρόπολης Κομοτηνής και Μαρώνειας.