Η μόνιμη έκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Χανίων στεγάζεται στο καθολικό της ενετικής μονής του Αγίου Φραγκίσκου και περιλαμβάνει αντικείμενα που δίνουν μία διαχρονική εικόνα της πολιτισμικής ιστορίας του Νομού Χανίων από τη νεολιθική εποχή έως και τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας.


Η έκθεση χωρίζεται κατά πλάτος σε δύο μεγάλες ενότητες : στο ανατολικό τμήμα εκτίθενται ευρήματα της ύστερης νεολιθικής εποχής και της χαλκοκρατίας (μινωικοί χρόνοι) και στο δυτικό τμήμα εκτίθενται αρχαιότητες της εποχής του σιδήρου (ιστορικοί χρόνοι). Τα ευρήματα παρουσιάζονται κατά ανασκαφικά σύνολα και κατά θεματικές ενότητες. Στις συλλογές περιλαμβάνονται μινωικά ευρήματα από την πόλη των Χανίων, προϊστορικά ευρήματα από σπήλαια, μινωικά ευρήματα από διάφορες περιοχές του νομού, ευρήματα από τάφους της γεωμετρικής περιόδου, ευρήματα των ιστορικών χρόνων από την πόλη των Χανίων και από διάφορες άλλες πόλεις του Νομού, νομίσματα, κοσμήματα (προϊστορικών και ιστορικών χρόνων), γλυπτά, επιγραφές, στήλες, ψηφιδωτά.