Το αρχαιολογικό Μουσείο Επιδαύρου ιδρύθηκε από την Αρχαιολογική Εταιρεία το έτος 1897 και κτίστηκε το 1898 - 1900 από την ίδια. ’ρχισε να λειτουργεί από το 1909.

Το κτήριο του Μουσείου αποτελεί ένα από τα αρχαιότερα αρχαιολογικά Μουσεία της Ελλάδος, πρέπει να διατηρηθεί ως κτήριο και είναι σημαντικό για τη μελέτη της εξέλιξης των Μουσείων και της Μουσειολογίας.

Η υπάρχουσα έκθεση του Μουσείου είναι παλιά, έγινε από τον Παναγή Καββαδία και αποτελεί χαρακτηριστικό δείγμα της μουσειακής αντίληψης των αρχών του 20ου αι. αιώνα, με την πυκνή παρατακτική διάταξη των εκθεμάτων, η οποία ήταν υποχρεωτική και λόγω του μεγάλου αριθμού.