Ο αρχαιολογικός πλούτος της γης του Νομού Καρδίτσας που καλύπτει χρονικά όλες τις περιόδους της Προϊστορίας και Ιστορίας από τη Νεολιθική εποχή έως την Ύστατη Αρχαιότητα, επέβαλε την ίδρυση ενός σύγχρονου Αρχαιολογικού Μουσείου. Η ανέγερση Μουσείου στην Καρδίτσα ξεκίνησε στη δεκαετία 1990, όταν, ύστερα από τις ενέργειες και τη συνεργασία της ΙΓ΄ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων με το Δήμο Καρδίτσας, το Δημοτικό Συμβούλιο παραχώρησε και η Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση ενέκρινε το χώρο του παλαιού Νοσοκομείου, έκτασης 5.120 τ. μ. στο κέντρο της πόλης, για την ίδρυση και λειτουργία Αρχαιολογικού Μουσείου. Την πιο πάνω δωρεά αποδέχτηκε το Υπουργείο Πολιτισμού, ενώ το 1995 το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο, λόγω αδυναμίας χρηματοδότησης παλιότερου, κτηριολογικού προγράμματος επιφανείας 2.000 τ. μ., γνωμοδότησε ομόφωνα υπέρ της έγκρισης νέου κτηριολογικού προγράμματος επιφανείας 900 τ. μ. Το νέο κτηριολογικό πρόγραμμα περιλαμβάνει στους δύο ορόφους με το υπόγειο, τους πιο κάτω χώρους: αίθουσα εκθέσεων 330 τ. μ., εκθετήριο, εκδοτήριο, ιματιοθήκη και φυλάκειο, γραφείο και βιβλιοθήκη, αίθουσα εκπαιδευτικών προγραμμάτων, αίθουσα εκδηλώσεων, ξενώνα δύο δωματίων και κοινόχρηστους χώρους. Το όλο έργο εντάχθηκε στο Β΄ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης. Η αρχιτεκτονική προμελέτη ανέγερσης του νέου Αρχαιολογικού Μουσείου Καρδίτσας υπήρξε προϊόν συνεργασίας των Τεχνικών Υπηρεσιών του Δήμου Καρδίτσας, της Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης Καρδίτσας και της Διεύθυνσης Μελετών Μουσείων του ΥΠΠΟ, από την οποία εν τέλει εκπονήθηκε και εγκρίθηκε. Κατά την εφαρμογή της μελέτης υπήρξαν βελτιώσεις του έργου, σύμφωνα με τις προδιαγραφές που πρέπει να ισχύουν για ένα Μουσείο.

Η ανέγερση του νέου κτηρίου ολοκληρώθηκε το 2000 - 2001. Κατά το έτος 2002 έγινε από την ΙΓ' ΕΠΚΑ η διοικητική παραλαβή για χρήση του περιβάλλοντος χώρου του Μουσείου. Την ίδια χρονιά αποφασίστηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού η συγκρότηση Ομάδας Εργασίας για την εκπόνηση Μουσειολογικής και Μουσειογραφικής μελέτης του νέου Αρχαιολογικού Μουσείου Καρδίτσας. Οι πιο πάνω μελέτες εγκρίθηκαν, ύστερα από ομόφωνη γνωμοδότηση του ΚΑΣ, με αποφάσεις του Υπουργείου Πολιτισμού. Στην πορεία συντάχθηκε το Τεχνικό Δελτίο του έργου που αφορά στον εξοπλισμό, την έκθεση και την ηλεκτροδότηση του. Από το Δεκέμβριο του 2004 που ιδρύθηκε και άρχισε να λειτουργεί η νεοσύστατη ΛΔ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, θέτει ως πρώτο και βασικό σκοπό τη λειτουργία της έκθεσης του Αρχαιολογικού Μουσείου Καρδίτσας. Το σημαίνον έργο του εξοπλισμού και της σύστασης της Έκθεσης του Μουσείου εντάχθηκε στο Γ΄ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Καρδίτσας θέλουμε να πιστεύουμε ότι δεν θα είναι μόνον ένα κτήριο, αλλά ένα ίδρυμα, στο οποίο για πρώτη φορά θα εκτεθούν και θα γίνουν γνωστά τα αρχαιολογικά ευρήματα που προέρχονται από την περιοχή της Καρδίτσας και μέχρι τώρα ήταν αποθηκευμένα στις αποθήκες του Αρχαιολογικού Μουσείου Βόλου.

Η επίσκεψη στο Αρχαιολογικό Μουσείο πιστεύουμε ότι θα αποτελέσει μια αισθητική εμπειρία για τους επισκέπτες και θα δώσει τα δικά της ερεθίσματα. Επιδιώκουμε τα εκθέματα να πυροδοτήσουν ιδέες και εικόνες, οι οποίες θα αποτελέσουν τα σκαλοπάτια που θα οδηγήσουν τον επισκέπτη σε μια επαφή και κατανόηση του παρελθόντος. Αποζητάμε ο επισκέπτης υπερβαίνοντας το ρόλο του απλού θεατή, να μπει σ' ένα γόνιμο και εποικοδομητικό διάλογο ανάμεσα στο παρόν και το παρελθόν και να εκφράσει ιδέες, απόψεις, εξωτερικεύοντας συγχρόνως τα συναισθήματά του.