Το Μουσείο Φωτογραφίας Θεσσαλονίκης, το μοναδικό κρατικό μουσείο για τη φωτογραφία στη χώρα μας, θεσμοθετήθηκε το 1997 με το νόμο 2557, ενώ ένα χρόνο αργότερα ξεκίνησε η συγκρότησή του. Το Μουσείο Φωτογραφίας Θεσσαλονίκης εποπτεύεται από το Υπουργείο Πολιτισμού.

Το Δεκέμβριο του 2001 το Μουσείο Φωτογραφίας Θεσσαλονίκης στεγάστηκε στον πρώτο όροφο της Αποθήκης A' στο Λιμάνι Θεσσαλονίκης και με ειδική ρύθμιση του Νόμου 2947/ 2001 διέπεται από νομικό καθεστώς διαχειριστικής, οικονομικής, λειτουργικής και οργανωτικής αυτοτέλειας.

Από το 1998 μέχρι το Δεκέμβριο του 2002 διευθυντής του Μουσείου ήταν ο ’ρης Γεωργίου, στη συνέχεια από τις αρχές του 2003 μέχρι το 2005 ο Κωστής Αντωνιάδης, ενώ από το 2005 τη διεύθυνσή του έχει αναλάβει ο Βαγγέλης Ιωακειμίδης.