Ο αρχικός πυρήνας της συλλογής των κειμηλίων του Εκκλησιαστικού Μουσείου δημιουργήθηκε το 1988 από τον μακαριστό Μητροπολίτη Σερρών και Νιγρίτης Μάξιμο, προκειμένου να διαφυλαχθούν οι εικόνες και τα άλλα κειμήλια από την φθορά του χρόνου. Στεγαζόταν στον δεύτερο όροφο του Μητροπολιτικού Μεγάρου, επί της οδού Κύπρου 10. Στις αίθουσές του είχαν συγκεντρωθεί εκθέματα που προέρχονταν από τους ιερούς ναούς της Ιεράς Μητροπόλεως Σερρών και Νιγρίτης και από την ιερά μονή Τιμίου Προδρόμου Σερρών, καθώς και από δωρεές ιδιωτών.