Η σκέψη για τη δημιουργία του Μουσείου οφείλεται στον αείμνηστο αρχαιολόγο Δημήτριο Λαζαρίδη, ο οποίος, με τη στήριξη της Αρχαιολογικής Εταιρείας Αθηνών και του Υπουργείου Πολιτισμού, πραγματοποίησε τον κύριο όγκο των ανασκαφών στην Αμφίπολη από το 1956 έως και το 1984. Ως έφορος αρχαιοτήτων της Ανατολικής Μακεδονίας και ως Γενικός Επιθεωρητής Αρχαιοτήτων, εμπνεύσθηκε και προώθησε την ίδρυση του Μουσείου Αμφίπολης.

Το έργο της ανέγερσης του κτιρίου, του οποίου ο αρχιτεκτονικός σχεδιασμός έγινε από τον αρχιτέκτονα Α. Μπακιρτζή, άρχισε στα 1976 και έμεινε ημιτελές μέχρι το 1981, όταν με τη στήριξη της Υπουργού Πολιτισμού Μελίνας Μερκούρη εντάχθηκε στα Μεσογειακά Προγράμματα και ολοκληρώθηκε το 1987. Για την οργάνωση και τη λειτουργία του προσέφεραν τις υπηρεσίες τους και εξακολουθούν να εργάζονται πλήθος ανθρώπων διαφόρων ειδικοτήτων, αρχαιολόγοι, αρχιτέκτονες, συντηρητές, φύλακες, διοικητικό και τεχνικό προσωπικό.

Η έκθεση σχεδιάστηκε από τη Χ. Κουκούλη -Χρυσανθάκη με τη συνεργασία της αρχιτέκτονος της 9ης ΕΒΑ Γ. Σκορδαλή και της αρχαιολόγου της ΙΗ΄ ΕΠΚΑ Δ. Μαλαμίδου. Τη σχεδίαση και τη μορφοποίηση των ενημερωτικών πινακίδων πραγματοποίησαν η γραφίστρια της 9ης ΕΒΑ Σ. Λυμπέρη και η γραφίστρια Χ. Παυλίδου. Στην καταλογογράφηση των εκθεμάτων εργάστηκαν οι αρχαιολόγοι της ΙΗ΄ΕΠΚΑ. Στη συντήρηση και την τοποθέτηση των ευρημάτων ουσιαστική υπήρξε η συμβολή του Π. Τζενετάκη, συντηρητή της Εφορείας, του Κ. Καλογιάννη, ξυλουργού, και των εργατοτεχνιτών του Μουσείου Αμφίπολης. Στο συντονισμό πολλών εργασιών βοήθησε ο Α. Κοχλιαρίδης, αρχιφύλακας του Μουσείου. Συνεργάστηκαν επίσης ο μουσειακός γλύπτης Δ. Σωτηρούδης και ο συντηρητής Δ. Σιαμπανόπουλος.