H ίδρυση του Μουσείου οφείλεται στη Μακεδονική Φιλεκπαιδευτική Αδελφότητα (Κωνσταντινούπολη 1871- Θεσσαλονίκη 1924 κ.ε)

Ο Πρόεδρος της Αδελφότητας Γιάννης Τάρης (1885-1968) εισηγήθηκε το 1931 την ίδρυση «τμήματος λαογραφίας? και ξεκίνησε τη συγκέντρωση του υλικού. Το 1957 ιδρύθηκε ως Ν.Π.Ι.Δ το Λαογραφικό Μουσείο Βορείου Ελλάδος.

Το 1958 τον Γ.Τάρη διαδέχεται ο Κωνσταντίνος Κεφαλάς (1898-1989) που συνέχισε με ζήλο το έργο του εμπλουτισμού, της καταγραφής και της έκθεσης της αρχικής συλλογής.

Το 1970 ιδρύεται ως Ν.Π.Δ.Δ. και το 1971 τίθεται υπό την εποπτεία του Υπουργείου Πολιτισμού, το Λαογραφικό και Εθνολογικό Μουσείο Μακεδονίας στο οποίο παραχωρείται η χρήση του τριώροφου κτηρίου που ήταν γνωστό ως «Παλαιό Κυβερνείο?. Η Μ.Φ.Α. παραχωρεί τη συλλογή της στο νέο Μουσείο, που εγκαινιάζεται στις 18/2/1973.

Το 1986 η εποπτεία του Μουσείου μεταφέρεται στο Υπουργείο Μακεδονίας- Θράκης και το 2001 ξανά στο Υπουργείο Πολιτισμού. Το 1993 το Μουσείο μετονομάζεται σε Λαογραφικό και Εθνολογικό Μουσείο Μακεδονίας-Θράκης με επέκταση της αρμοδιότητάς του και στη Θράκη.