Στο Αρχαιολογικό Μουσείο Βαθέος Ιθάκης στεγάζονται ευρήματα κυρίως από το νότιο τμήμα του νησιού.

Το κτήριο του μουσείου κτίστηκε στη δεκαετία του 1960 ακολουθώντας τα τότε αρχιτεκτονικά πρότυπα. Η έκθεση καταλάμβανε τον προθάλαμο και τρεις αίθουσες, όπου εκτίθονταν ευρήματα που χρονολογούνται από τη γεωμετρική έως και τη ρωμαϊκή περίοδο.

Εργασίες επισκευής του κτηρίου καθώς και εξωραϊσμού και ανάπλασης του περιβάλλοντος χώρου, υλοποιούνται στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ, με αυτεπιστασία από την Εφορεία.



Η Εφορεία πραγματοποίησε το 2023 προσωρινή έκθεση. Μία αίθουσα του Μουσείου και ο χώρος εισόδου φιλοξενούν την προσωρινή έκθεση, η οποία έχει τίτλο «Στα ίχνη του Ομήρου: Ο Αετός στην Ιθάκη και η Ελληνική Αναγέννηση».

Επιλεγμένες αρχαιότητες από τις ανασκαφές του Αετού, σύγχρονο εποπτικό υλικό και λεζάντες βοηθούν τον επισκέπτη να κατανοήσει την σπουδαία ιστορία του Ιερού, η οποία συνδέεται με την περίοδο ακμής του νησιού, την κεντρική θέση του νησιού κατά την Πρώιμη Εποχή του Σιδήρου και την Πρώιμη Αρχαϊκή περίοδο, αλλά και με την Ομηρική παράδοση. Για πρώτη φορά παρουσιάζονται πρώιμα δείγματα του αλφαβήτου σε ενεπίγραφα όστρακα, καθώς και σπαράγματα από το ομοίωμα οικίας των ύστερων Γεωμετρικών Χρόνων.



Στην είσοδο παρουσιάζονται τρισδιάστατα σχέδια της Επανέκθεσης (μουσειογραφικής μελέτης) που επίκειται να ενταχθεί στο νέο ΕΣΠΑ.