Το κτήριο του Μουσείου για μεγάλο διάστημα χρησιμοποιήθηκε ως αποθήκη αρχαιοτήτων. Η έκθεση των αρχαιοτήτων εγκαινιάσθηκε το 1999. Με την ολοκλήρωση του έργου «Αναβάθμιση του Αρχαιολογικού Μουσείου Λαυρίου» με συγχρηματοδότηση από την Ευρωπαϊκή Ένωση (ΕΤΠΑ) και το Ε.Π. ΠΟΛΙΤΙΣΜΟΣ 2000-2006, ανακαινίστηκε πλήρως και διαθέτει κλιματισμό, σύγχρονους χώρους υγιεινής και υποδομή για την υποδοχή ανθρώπων με κινητικά προβλήματα.