Χτισμένος στη δυτική πλευρά του φρουρίου των Χανίων, δίπλα στον ομώνυμο προμαχώνα, ο ναός υπήρξε καθολικό της μονής του San Salvatore των Φραγκισκανών. Στη νότια πλευρά του μνημείου σώζεται ακόμα η σκεπαστή στοά (chiostro), όπου υπήρχαν τα κελιά των μοναχών. Με την εκτεταμένη αναστήλωση του ναού εντοπίστηκαν καλύτερα οι διάφορες οικοδομικές φάσεις του μνημείου, ενοποιήθηκε ο χώρος και αναδείχθηκαν τα λιτά και απέριττα αρχιτεκτονικά του στοιχεία.

Ο αρχικός ναός, που χρονολογείται πιθανότατα στο 15ο αιώνα, ήταν το μικρών διαστάσεων καμαροσκέπαστο τμήμα στην ανατολική πλευρά. Το τμήμα αυτό επεκτάθηκε τον επόμενο αιώνα προς δυσμάς, ακολουθώντας την ίδια τυπολογία του καμαροσκέπαστου, με ενισχυτικά σφενδόνια, χώρου.

Κατά τα τέλη της βενετοκρατίας (μέσα 17ου αιώνα) ο ναός επεκτάθηκε προς βορράν με την προσθήκη δύο ορθογώνιων χώρων, που είχαν είσοδο στη δυτική πλευρά. Οι χώροι αυτοί, στους οποίους παρατηρείται περιορισμένη χρήση υστερογοτθικών μοτίβων, καλύπτονται με σταυροθόλια και επικοινωνούν με τον κυρίως ναό με μεγάλα τοξωτά ανοίγματα. Κατά την τουρκοκρατία, ο ναός μετετράπη σε τζαμί με την αποκοπή του αρχικού ναού και τη διαμόρφωση κόγχης ιερού (mihrab) στη νοτιο δυτική γωνία του νότιου κλίτους.