Το 1972 δημιουργείται από μια ομάδα Κρητών και Αθηναίων ο πρώτος Πολιτιστικός Σύλλογος στην επαρχία του Νομού Ηρακλείου, ο οποίος νομιμοποιείται από το Πρωτοδικείο το 1973, με την επωνυμία "Πολιτιστικός Σύλλογος Μεσαράς", με έδρα την κοινότητα Βώρων της Επαρχίας Πυργιωτίσσης. Οι σκοποί του Συλλόγου συνοψίζονται στη μελέτη, προστασία και προβολή της πολιτιστικής κληρονομιάς και του φυσικού περιβάλλοντος, καθώς και στη δημιουργία ενός Εθνογραφικού Μουσείου. Για το σκοπό αυτό, η βωριανή οικογένεια Στεφανίδη δωρίζει στον Πολιτιστικό Σύλλογο Μεσαράς, οικόπεδο 450 τ.μ. στην παλαιά κηρυγμένη συνοικία του οικισμού. Με χορηγίες από το Υπουργείο Πολιτισμού, από το 1976 αναγείρεται, με αρxιτέκτονα τον Ε. Λιναρδάκη, διώροφο κτίριο συνολικού εμβαδού 500 τ.μ. με παραδοσιακή εξωτερική μορφή. Η οικοδομή ολοκληρώνεται το 1982 και η Έκθεση εγκαινιάζεται το 1988.

Το 1992, ο Πολιτιστικός Σύλλογος Μεσαράς δωρίζει στα Εθνικά Κληροδοτήματα του Υπουργείου Οικονομικών το Μουσείο, με κινητή και ακίνητη περιουσία αξίας 110.000.000 δραχμών και δημιουργεί το Ίδρυμα Μουσείο Κρητικής Εθνολογίας.

Στο διάστημα 1979-2001, η Έκθεση και το Κέντρο Ερευνών του Ιδρύματος συστεγάζονταν στο κτίριο του Μουσείου και οι αποθήκες, η συντήρηση και τα άλλα εργαστήρια στεγάζονταν σε χωριστούς ενοικιαζόμενους χώρους εντός οικισμού. Ο συνεχής όμως εμπλουτισμός των συλλογών με αντικείμενα, βιβλία, περιοδικά, εφημερίδες, χάρτες, σχέδια, φωτογραφίες, ηχητικό υλικό, μηχανήματα, όργανα, σκεύη κτλ., παρότρυνε το Δ.Σ. του Ιδρύματος να προοθήσει από το 1985 τον προγραμματισμό ολοκλήρωσης της υποδομής του μουσείου, η οποία είχε ήδη προσχεδιατεί από το 1980.

Το 1996, ο Υπουργός Πολιτισμού κ. Ε. Βενιζέλος εγκρίνει τη χρηματοδότηση του Ερευνητικού Κέντρου στα πλαίσια του 2ου Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης. Η διαδικασία κατασκευής διήρκεσε 2 χρόνια (1999-2001) και παραδόθηκε στο φορέα ένα κτίριο συνολικού εμβαδού 2800 τ.μ., με επαρκή εξοπλισμό, το 2002.