Το Μουσείο στεγαζόταν έως το 1996 στο νεοκλασικού ρυθμού Δημοτικό Μέγαρο του Γυθείου, το οποίο ανοικοδομήθηκε το 1891. Σύντομα το Μουσείο θα μεταφερθεί στο Παρθεναγωγείο της πόλης, επίσης νεοκλασικό κτήριο, που αναστηλώνεται αυτή την περίοδο.

Ο αρχικός πυρήνας των συλλογών συγκροτήθηκε πριν 80 χρόνια, με την συμβολή ορισμένων φιλάρχαιων Γυθεατών. Οι εκθεσιακοί χώροι οργανώθηκαν το 1980.