Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Κέας, ιδρύθηκε στη δεκαετία του 1970, στην πρωτεύουσα του νησιού, την Ιουλίδα, με ενέργειες του αείμνηστου αρχαιολόγου Νικόλαου Ζαφειρόπουλου, όταν η Κέα υπαγόταν στην αρμοδιότητα της Εφορείας Κυκλάδων.

Το 1980 λειτούργησε μία αίθουσα στο δεύτερο όροφο του μουσείου με εκθέματα, τα σημαντικότερα ευρήματα από τους προϊστορικούς οικισμούς της Αγ. Ειρήνης και της Κεφάλας.

Από το 1982 η Κέα περιήλθε στην αρμοδιότητα της Α΄Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων. Το 1985 έγιναν οι πρώτες επανεκθετικές εργασίες για την ολοκλήρωση της έκθεσης της συλλογής των Ιστορικών Χρόνων (γλυπτών, αρχιτεκτονικών μελών και επιγραφών). Βελτιωτικές εργασίες με την προσθήκη εποπτικού υλικού έγιναν το 1986 καθώς και κατά τα έτη 1989 - 1990.

Με την τελευταία και ριζική ανακαίνιση (1997 - 2002), το Αρχαιολογικό Μουσείο της Κέας άνοιξε και πάλι τις πόρτες του στο κοινό. Η επανέκθεση του μουσείου, ακολουθεί τις σύγχρονες προδιαγραφές, στον τρόπο παρουσίασης των εκθεμάτων και των ενοτήτων των δύο συλλογών (Προϊστορική Συλλογή και Συλλογή Ιστορικών Χρόνων).