Η δημιουργία του Μουσείου Σπετσών οφείλεται κυρίως στον ακαδημαϊκό και καθηγητή του Πανεπιστημίου Αθηνών Γ. Α. Σωτηρίου. Μετά από δική του προτροπή το αρχοντικό του Χατζηγιάννη Μέξη, ενός από τους πρώτους άρχοντες του νησιού στα χρόνια του Αγώνα, δωρήθηκε στο Κράτος το 1938 από τις τελευταίες κληρονόμους του, Καλομοίρα Μέξη και Νικέτα Θερμισιώτη-Κατσίνα, για να στεγάσει την αρχαιολογική, ιστορική και λαογραφική συλλογή του νησιού.

Το Υπουργείο Πολιτισμού καταβάλλει συνεχείς προσπάθειες για τη συντήρηση του κτηρίου, αλλά και για την απόκτηση όσο το δυνατό μεγαλύτερου αριθμού εκθεμάτων. Πρόσφατα άρχισε και η διενέργεια νέων ανασκαφών, τα αποτελέσματα των οποίων θα συμβάλουν στη γνώση της ιστορίας του νησιού.