Για τον κτήτορα και την εποχή ανέγερσης του αρχοντικού, μας δίνει πληροφορίες ο ίδιος ο Παύλος Κουντουριώτης στη διαθήκη του: "Την εν Ύδρα οικίαν έκτισε ο πάππος μου Γεώργιος προ της μεγάλης Επαναστάσεως του 1821, εγώ δε εβελτίωσα. Η οικία εκείνη αποτελεί μνημείον ιστορικόν, αποτελεί δε ιδιαιτέρως των Κουντουριωτών κειμήλιον".

Ο κτήτορας και πρώτος ιδιοκτήτης του αρχοντικού, Γεώργιος Κουντουριώτης (1782-1858), ανήκε σε μία από τις σημαντικότερες και πλουσιότερες οικογένειες της Ύδρας. Η περιουσία της οικογένειας αυξάνεται σημαντικά λόγω της εμπορικής δραστηριότητας, στα πρώτα χρόνια του 19ου αι.Τότε είναι που ο Γεώργιος κτίζει το περίφημο αρχοντικό του.

Το τέλος της Επανάστασης βρίσκει την οικογένεια αποστερημένη από την περιουσία της. Φτάνουν στο σημείο να μη μπορούν να συντηρήσουν το αρχοντικό του οποίου ο όροφος σχεδόν εγκαταλείπεται.

Στις αρχές του 20ου αι. ο Παύλος προχωρεί σε εκτεταμένες επισκευές του οικογενειακού αρχοντικού με απόλυτο σεβασμό στην ιστορία και στον αρχιτεκτονικό χαρακτήρα του. Οι εφημερίδες της εποχής μιλούν με θαυμασμό για τον "πύργο" του. Το 1935 ενταφιάζεται στην πλαγιά του υψώματος ανάμεσα στο αρχοντικό και στη θάλασσα.

Το 1991 αγοράστηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού προκειμένου να μετατραπεί σε μουσείο.