Η Αρχαιολογική Συλλογή Γαλαξιδίου δημιουργήθηκε το 1932 από την ''Ένωση Νέων'' και πρώτος έκτακτος επιμελητής της ορίσθηκε ο τότε διευθυντής του Δημοτικού Σχολείου, Χρήστος Παπαϊωάννου. Τα πρώτα της αντικείμενα προέρχονταν από προσφορές ιδιωτών αλλά στη συνέχεια εμπλουτίσθηκε με τα ευρήματα από τις ανασκαφές που πραγματοποίησαν Έλληνες και ξένοι αρχαιολόγοι, από τυχαία ευρήματα, και από εκείνα που αποκαλύφθηκαν κατά τις σωστικές ανασκαφές της Ι΄ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων.

Το 1979 στεγάσθηκε στο κτήριο όπου βρίσκεται μέχρι σήμερα, όταν οι υπηρεσίες της κοινότητας Γαλαξιδίου, που μέχρι τότε ήταν εγκατεστημένες εκεί, μεταφέρθηκαν σε άλλο οικοδόμημα, αφήνοντας ελεύθερο χώρο. Τότε μεταφέρθηκαν από το Αρχαιολογικό Μουσείο Δελφών οι αρχαιότητες που προέρχονταν από το Γαλαξείδι και την ευρύτερη χερσαία και θαλάσσια περιοχή και εκτέθηκαν σε μία αίθουσα του κτηρίου, παράλληλα με τα εκθέματα του Ναυτικού Μουσείου, που παρουσιάζονται μέχρι σήμερα στις υπόλοιπες αίθουσες.

Το 2001 ξεκίνησε η ανακαίνιση του Ναυτικού και Εθνολογικού Μουσείου, με τη διαμόρφωση των αιθουσών του κτηρίου και την προσθήκη υπογείου. Το γεγονός έδωσε τη δυνατότητα για την επανέκθεση της αρχαιολογικής συλλογής, και για το σκοπό αυτό κατασκευάζονται νέες προθήκες, τα εκθέματα οργανώνονται σε θεματικές ενότητες και πλαισιώνονται από πλούσιο πληροφοριακό υλικό.