Το Μουσείο της Ελευσίνας οικοδομήθηκε το 1889-1890 στη N.A. πλευρά της ακρόπολης σε σχέδια του αρχιτέκτονα Ιωάν. Μούση, για να στεγάσει τα ευρήματα των ανασκαφών του Ιερού. Το κτήριο, ισόγειο, κεραμοσκεπές, διέθετε αρχικά πέντε αίθουσες (I-V) ενώ γύρω στα 1930 προστέθηκε και μια νέα αίθουσα (VI) προκειμένου να συμπεριλάβει αγγεία και μικροευρήματα από το Ιερό και τα νεκροταφεία (ανασκαφή Κ. Κουρουνιώτη). Το 1960 το Μουσείο ανακαινίσθηκε και εμπλουτίσθηκε με νέα ευρήματα από τις ανασκαφές του Δυτικού Νεκροταφείου (ανασκαφή Γ. Μυλωνά) και του Ιερού ενώ το 1973 τοποθετήθηκαν δύο προπλάσματα με αναπαράσταση των κυριοτέρων οικοδομημάτων του Ιερού του 6ου αι. π.Χ. και του 2ου αι. π.Χ. Το 1983 έγιναν εργασίες συντήρησης στο κτήριο. Επισκευές στο Μουσείο και επανέκθεση πραγματοποιήθηκαν και μετά το μεγάλο σεισμό του 1999, που έπληξε τόσο το Μουσείο, όσο και τον Αρχαιολογικό Χώρο της Ελευσίνας.