Το Αρχαιολογικό Μουσείο Μεγάρων εγκαινιάστηκε στις 2-4-2000, προκειμένου να στεγάσει και να προσφέρει στο κοινό μέρος των αρχαίων που προέρχονται από τις σωστικές ανασκαφές της πόλης και της ευρύτερης περιοχής.

Το κτήριο ήταν το Παλαιό Δημαρχιακό Μέγαρο, κτίσμα του 19ου αι., και παραχωρήθηκε προσωρινά από το Δήμο Μεγαρέων στη Γ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων Αθηνών. Η φιλοξενία και η έκθεση των αρχαίων στο κτήριο αυτό θα διαρκέσει μέχρι την ανέγερση του σύγχρονου μουσείου στα ανατολικά της πόλης, το οποίο θα έχει τη δυνατότητα να στεγάσει τα αρχαιολογικά ευρήματα της περιοχής στο σύνολό τους.