Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου είναι Κοινωφελές Ίδρυμα Ιδιωτικού Δικαίου μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα το οποίο συστήθηκε το 1983. Στεγάζεται από το 1985 σε ένα παραδοσιακό κυκλαδίτικο κτίριο του 19ου αιώνα, που ήταν άλλοτε το σπίτι του ηρωικού καπετάνιου και πολεμιστή, Νικολάου Σουρμελή.

Σκοπός του Μουσείου είναι η προβολή της πλούσιας ναυτικής ιστορίας της πατρίδας μας και η σημασία που έχει η θάλασσα στη μετακίνηση των ανθρώπων, στο εμπόριο και στη διασπορά των ιδεών και του πολιτισμού.

Τον Δεκέμβριο του 1987 ο ιδρυτής του Γεώργιος Δρακόπουλος, τιμήθηκε για την ίδρυση του Μουσείου, με το Βραβείο της Ακαδημίας Αθηνών.