Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου είναι Κοινωφελές Ίδρυμα Ιδιωτικού Δικαίου. Ιδρύθηκε το 1983 και από το 1985 άνοιξε τις πόρτες του στη Μύκονο για το κοινό. Σκοπός του Μουσείου είναι η διατήρηση, προβολή και μελέτη της Ελληνικής ναυτικής ιστορίας και παράδοσης, και ειδικότερα η εξέλιξη και δραστηριότητα του εμπορικού πλοίου, κυρίως στoν ιστορικό χώρο του Αιγαίου. Το Δεκέμβριο του 1987 ο Ιδρυτής και Πρόεδρος του Δ.Σ., ο Μυκονιάτης Γεώργιος Δρακόπουλος, τιμήθηκε για την ίδρυση του Μουσείου με το Βραβείο της Ακαδημίας Αθηνών.

Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου στεγάζεται σε ένα παραδοσιακό κυκλαδίτικο κτήριο του 19ου αιώνα, στο κέντρο της Μυκόνου, στη θέση Τρία Πηγάδια. Το κτήριο αυτό ανήκε άλλοτε στον θρυλικό πλοίαρχο Νικόλαο Σουρμελή, ο οποίος με το εμπορικό του πλοίο "ΕΝΩΣΙΣ" βοήθησε σημαντικά τους Κρητικούς στον αγώνα τους κατά των Τούρκων.

Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου συμμετέχει σε διεθνή συνέδρια, εκθέσεις και εκδηλώσεις, καθώς και στη Ναυτική Εβδομάδα. Σημαντική, επίσης, είναι η εκδοτική του δραστηριότητα σε θέματα σχετικά με τη ιστορία της ελληνικής ναυτιλίας.