Το μουσείο της Σκύρου ιδρύθηκε το 1963 και εγκαινιάστηκε δέκα χρόνια αργότερα για να στεγάσει τα αρχαιολογικά ευρήματα που μαρτυρούν τη μακραίωνη ιστορία του νησιού.

Η Σκύρος κατοικήθηκε από τη νεολιθική εποχή (5500-2800 π.Χ.) όπως μαρτυρούν τα λείψανα που έχουν βρεθεί σε διάφορες περιοχές στο νησί. Ακμάζει κατά την πρώιμη εποχή του χαλκού (2800-1900 π.Χ.) και φτάνει στο απόγειο της ακμής της κατά τη Μυκηναϊκή περίοδο (1650-1100 π.Χ.). Σημαντική εμφανίζεται η Σκύρος και στα γεωμετρικά και στα αρχαϊκά χρόνια. Το 475 π.Χ. κατακτάται από τους Αθηναίους και το 323/22 π.Χ. περνάει στα χέρια των Μακεδόνων. Το 197 π.Χ. την κατέλαβαν οι Ρωμαίοι. Από το 2ο αι. μ.Χ. εξαπλώνεται στο νησί η Χριστιανική θρησκεία.