Η εκκλησία της Παναγίας Παρηγορήτισσας είναι αφιερωμένη στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου και χτίστηκε στα τέλη του 13ου αι., από το δεσπότη της Ηπείρου Νικηφόρο Κομνηνό Δούκα και τη σύζυγό του Άννα Παλαιολογίνα. Παλαιότερα αποτελούσε καθολικό μεγάλου μοναστηριού, από το οποίο σώζονται επίσης 16 κελιά και η Τράπεζα, δηλαδή το εστιατόριο της μονής.

Το καθολικό έχει διαστάσεις 20,30x22 μ. και χτίστηκε σε έναν αρκετά πρωτότυπο τύπο. Στο ισόγειο παρουσιάζει διάταξη παρόμοια με αυτή των οκταγωνικών ναών, ενώ στον όροφο ακολουθείται ο τύπος του σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού.

Ο κυρίως ναός είναι τετράγωνος, χωρίς εσωτερικά στηρίγματα. Το χαρακτηριστικό του στοιχείο είναι το πρωτότυπο σύστημα στήριξης του τρούλου, το οποίο, από όσο γνωρίζουμε, δεν έχει εφαρμοσθεί σε άλλα βυζαντινά μνημεία. Ο τρούλος στηρίζεται σε οκτώ παραστάδες, πάνω στις οποίες πατάνε κίονες σε τρεις επάλληλες σειρές, αφήνοντας τον εσωτερικό χώρο αδιάσπαστο. Στο ισόγειο ο κυρίως ναός πλαισιώνεται στη βόρεια και τη νότια πλευρά από δύο παρεκκλήσια (των Ταξιαρχών και του Προδρόμου), τα οποία επικοινωνούν με το νάρθηκα που υπάρχει στα δυτικά, με αποτέλεσμα να παρουσιάζουν τη διάταξη περιστώου. Ανάλογη διάταξη ακολουθεί και ο γυναικωνίτης στον όροφο, ο οποίος δεν είναι προσιτός στους επισκέπτες.

Πέντε αψίδες εξέχουν στην ανατολική πλευρά, η οποία φέρει κεραμικό διάκοσμο από πλίνθους σε πολλούς συνδυασμούς. Μαίανδροι, σταυροί, ρόμβοι συνδυασμένοι με διπλά αψιδώματα, φιαλοστόμια και πλακίδια δίνουν μια εντυπωσιακή πολυχρωμία στο μνημείο.

Η εκκλησία της Παρηγορήτισσας χτίστηκε στη θέση παλαιότερου ναού, μικρότερων διαστάσεων, τμήματα του οποίου είναι κυρίως εμφανή, στη βόρεια πλευρά του κυρίως ναού. Σήμερα οι τοίχοι της Παρηγορήτισσας διακοσμούνται με τοιχογραφίες που χρονολογούνται σε διαφορετικές εποχές. Αρχικά όμως έφεραν πολυτελή ορθομαρμάρωση, λιγοστά τμήματα της οποίας διατηρούνται στη δυτική πλευρά, πάνω από την κεντρική είσοδο. Στην ίδια πλευρά υπάρχει τόξο με περίτεχνη ανάγλυφη διακόσμηση και την επιγραφή που αναφέρει τους κτήτορες της εκκλησίας, το Νικηφόρο Κομνηνό Δούκα, τη σύζυγό του Άννα Παλαιολογίνα και το γιο τους Θωμά.

Σύγχρονες του μνημείου είναι και οι ψηφιδωτές παραστάσεις του Παντοκράτορα και των προφητών, που διακοσμούν τον κεντρικό τρούλο. Τα ψηφιδωτά έχουν γίνει πιθανώς από δύο ομάδες τεχνιτών, που πιστεύεται ότι ήρθαν από την Κωνσταντινούπολη ή τη Θεσσαλονίκη.

Στη βάση του τρούλου, στα μεγάλα τόξα των καμαρών, υπήρχε γλυπτή διακόσμηση. Σήμερα, σώζονται μόνο τα γλυπτά συμπλέγματα της Γέννησης και του Αμνού, που πλαισιώνονται με ευαγγελιστές και προφήτες. Τα θέματα και η τεχνική των γλυπτών φανερώνουν δυτικές επιδράσεις και πιστεύεται ότι έγιναν από τεχνίτες, που ήρθαν από τη Δύση (ίσως από τη γειτονική Ιταλία).

Οι τοιχογραφίες του Ιερού είναι έργο του μοναχού Ανανία και χρονολογούνται το 1558. Οι τοιχογραφίες του κυρίως ναού έγιναν πιθανώς στα τέλη του 17ου -αρχές του 18ου αι. ενώ ακόμη νεότερες είναι οι τοιχογραφίες του νάρθηκα.

Το σημερινό κτιστό τέμπλο αντικατέστησε το αρχικό μαρμάρινο, από το οποίο σώζονται λιγοστά ανάγλυφα. Σημαντικές είναι οι δεσποτικές εικόνες της Παναγίας και του Χριστού. Κοντά στην εικόνα του Χριστού, υπάρχει ξυλόγλυπτο προσκυνητάρι με την εικόνα της Παναγίας «Παρηγορίτζας», η οποία σύμφωνα με επιγραφή «ανακαινίστηκε το 1792».

Στην νοτιοδυτική γωνία εξωτερικά της εκκλησίας σώζονται τα ερείπια ενός παλαιότερου ναΐσκου (ίσως του 12ου αι.) που ήταν χτισμένος στον τύπο του σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού (απλού τετρακιόνιου) με τρεις αψίδες ανατολικά και πιστεύεται ότι, μετά την ανέγερση της Παρηγορήτισσας, λειτουργούσε ως ταφικό παρεκκλήσι.

Η Τράπεζα βρίσκεται ΝΑ του καθολικού. Είναι ένα μακρόστενο καμαροσκέπαστο κτίριο, η σημερινή μορφή του οποίου, είναι αποτέλεσμα των αναστηλωτικών εργασιών που έκανε ο Α. Ορλάνδος. Σήμερα, εκτίθενται σε αυτή γλυπτά που προέρχονται από σημαντικά βυζαντινά μνημεία της περιοχής της Άρτας. Δυτικά της Τράπεζας εντοπίσθηκαν τα ερείπια μιας σειράς κελιών, που υπήρχαν αρχικά στην πλευρά αυτή. Τα 16 κελιά που σώζονται στην ανατολική πλευρά εξυπηρετούν σήμερα λειτουργικές ανάγκες της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας. Σύντομα, προβλέπεται να ολοκληρωθούν οι αναστηλωτικές εργασίες στα κελιά, στα οποία πρόκειται να εκτεθούν ευρήματα βυζαντινής εποχής.