Η Μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου στην Πάτμο αποτελεί ίσως το σημαντικότερο μοναστηριακό συγκρότημα του Αιγαίου Πελάγους. Ιδρυτής της μονής υπήρξε ο όσιος Χριστόδουλος (1088), ο οποίος με χρυσόβουλλο του Αλεξίου Α΄ Κομνηνού έλαβε το νησί της Πάτμου απαλλαγμένο από φορολογικές υποχρεώσεις.

Xτισμένη στην κορυφή βουνού, προφανώς στη θέση του ναού της Aρτέμιδος και μίας παλαιοχριστιανικής βασιλικής, η μονή περιβάλλεται από ακανόνιστο ορθογώνιο αμυντικό περίβολο που χρονολογείται από το τέλος του 11ου αι. μέχρι τον 17ο αι.

Το καθολικό της μονής ανήκει στον τύπο του σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού με τρούλο και μάλιστα στην παραλλαγή του τετράστυλου. Προσθήκες, επεμβάσεις και τροποποιήσεις πραγματοποιούνταν κατά διαστήματα στον κεντρικό πυρήνα έως ότου λάβει το μοναστήρι την τελική του μορφή, σύμφωνα με τις επιταγές των οικοδομικών προγραμμάτων κάθε εποχής. Aπό τη βυζαντινή περίοδο διατηρούνται το καθολικό, η τράπεζα, η εστία και τα κελλιά. Δεν είναι βέβαιη η χρονολόγηση των βοηθητικών χώρων, όπως το μαγκιπείον, το μυλωνείον, το δοχείον, το ωρείον κλπ.

Το καθολικό της μονής διασώζει τοιχογραφικό διάκοσμο των αρχών του 17ου αι., ενώ στο παρεκκλήσι της Παναγίας, στη νότια πλευρά του καθολικού, ο ζωγραφικός διάκοσμος χρονολογείται στις τελευταίες δεκαετίες του 12ου αι. Την ίδια εποχή και λίγο αργότερα τοιχογραφήθηκε η τράπεζα της μονής, η οποία βρίσκεται στη βορειοανατολική γωνία του καθολικού.

Tα κελλιά είναι παρατεταγμένα στη νότια πλευρά του οχυρωματικού περιβόλου. Στη μονή υπάρχουν επίσης παρεκκλήσια των μεταβυζαντινών χρόνων : του Aγίου Bασιλείου, του Aγίου Nικολάου, του Tιμίου Σταυρού, του Προδρόμου, των Aγίων Aποστόλων (1603). Δύο μικρότερα βρίσκονται έξω από τον περίβολο της μονής : του Aγίου Γεωργίου και του Aγίου Oνουφρίου (1611).

Περίφημη θεωρείται η πλουσιότατη Βιβλιοθήκη του μοναστηριού και η Συλλογή των κειμηλίων του, τα σημαντικότερα δείγματα της οποίας μπορεί να θαυμάσει κανείς στο επισκέψιμο σκευοφυλάκιο.