Η Μονή της Παναγίας Μελινίντζης βρίσκεται πλάι στη σημερινή Μονή του Αγίου Γεωργίου Μαλεσίνας. Το καθολικό έχει γνωρίσει αλλεπάλληλες καταστροφές από σεισμούς, με αποτέλεσμα να παρουσιάζει διάφορες κατασκευαστικές φάσεις, από τις οποίες η πρωιμότερη ανάγεται, κατά μια άποψη, στους παλαιολόγειους χρόνους. Η ανωδομή του καθολικού και ο νάρθηκας με το δυτικό εξωτερικό τοίχο κατέρρευσαν πλήρως κατά τη διάρκεια του σεισμού της Αταλάντης το 1894. Αργότερα τοποθετήθηκε μια απλή δίρριχτη στέγη.

Η μονή έχει έναν τραπεζιόσχημο περίβολο, στις τέσσερις πλευρές του οποίου εκτείνονταν τα κελλιά και στο κέντρο του βρισκόταν το καθολικό. Η είσοδος στη μονή γινόταν από τη ΒΔ γωνία του περιβόλου, όπου υπήρχε μικρό ορθογώνιο κτίσμα, πιθανόν πυργίσκος.

Το καθολικό της μονής ανήκει στον τύπο του σύνθετου τετρακιόνιου σταυροειδούς εγγεγραμμένου με τρούλο ναού. Τα τέσσερα γωνιαία διαμερίσματα καλύπτονταν με ημικυλινδρικές καμάρες. Το συνολικό του μήκος με το νάρθηκα είναι 18,50 μ. και το πλάτος του 10,50 μ.

Κατά τον Π. Λαζαρίδη η αρχική φάση του ναού ανάγεται στους βυζαντινούς χρόνους, ενώ οι τρεις ανατολικές κόγχες ανακατασκευάστηκαν, πιθανόν μετά από σεισμό, στην περίοδο της Φραγκοκρατίας. Ο συντηρητής Τ. Μαργαριτώφ, κατά τη διάρκεια εργασιών το 1963, παρατήρησε την ύπαρξη υπολειμμάτων ζωγραφικού στρώματος στην πρόθεση και το διακονικό, τα οποία κατά τον Π. Λαζαρίδη πρέπει να χρονολογηθούν στην παλαιολόγεια περίοδο. Κατά τον Χ. Μπούρα ο ναός ανεγέρθηκε τον 16ο αι. Βέβαιη είναι η ύπαρξη δύο στρωμάτων μεταβυζαντινών τοιχογραφιών, εκ των οποίων το πρώτο μπορεί να χρονολογηθεί στον 16ο ή τις αρχές του 17ου αι. (πριν από το 1617) και το δεύτερο στον 17ο αι. Το τελευταίο στρώμα των τοιχογραφιών εκτελέστηκε από τον αγιογράφο Δημήτριο Κακαβά εκ Ναυπλίου, όπως μαρτυρεί σχετική επιγραφή.

Κατά τις ανασκαφικές έρευνες που πραγματοποιήθηκαν το 1994 από την 7η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων αποκαλύφθηκαν τα κελλιά περιμετρικά του περιβόλου. Η βόρεια πλευρά των κελλιών ήταν διώροφη και περιελάμβανε θολοσκεπείς αποθηκευτικούς χώρους και κελλιά που προστέθηκαν μεταγενέστερα. Στη νότια πλευρά σώζονται δυο μεγάλα ορθογώνια κτίσματα, εκ των οποίων το ένα στέγαζε πιθανόν την τράπεζα και το άλλο είναι πλήρως ερειπωμένο. Στη δυτική πλευρά αποκαλύφθηκαν πέντε κτίσματα, εκ των οποίων το ένα αποτελούσε ίσως το φωτάναμμα, αφού στο δάπεδό του βρέθηκε εστία και γύρω της κτιστό θρανίο. Το νότιο τμήμα της ανατολικής πλευράς φιλοξενούσε μια σειρά κελλιών, ενώ στο βόρειο τμήμα της βρέθηκε το κελλάρι με μεγάλους πίθους κατά χώραν.