Το καθολικό της Μονής Γαρδικίου είναι αφιερωμένο στο Γενέσιο του Αγίου Ιωάννου Προδρόμου. Πρόκειται για μεγάλο δικιόνιο σταυροειδή εγγεγραμμένο ναό, που τα μορφολογικά του χαρακτηριστικά τον εντάσσουν στα μνημεία που ανεγέρθηκαν κατά την περίοδο της Β΄ Ενετοκρατίας (1685-1715). Στη διασταύρωση των κεραιών του σταυρού υψώνεται μεγάλος τρούλος. Η τοιχοποιία του μνημείου αποτελείται από λαξευτούς πωρόλιθους ενώ κατά τόπους ακολουθείται το πλινθοπερίκλειστο σύστημα δόμησης. Οδοντωτή ταινία περιβάλλει τον λοβό του παραθύρου της αψίδας. Οι θύρες του φέρουν πώρινα περιθυρώματα με ομόλογα πλαίσια στις παραστάδες και στα τόξα και ανάγλυφους πολύφυλλους ρόδακες. Το τύμπανο του τρούλου και το ανώτερο μέρος της κεντρικής αψίδας έχουν πλαστική διάρθρωση με τοξύλλια διπλής καμπυλότητας.