Η Παλαιά Μητρόπολη της Βέροιας συγκαταλέγεται στους μεγάλους επισκοπικούς ναούς, που οικοδομήθηκαν στη Μακεδονία κατά τη μέση βυζαντινή περίοδο, και ειδικότερα στον 11ο αιώνα. Στην κτητορική επιγραφή, που βρίσκεται χαραγμένη στο υπέρθυρο της δυτικής εισόδου, αναφέρεται ο επίσκοπος Νικήτας, ο οποίος τοποθετείται χρονολογικά στο δεύτερο μισό του 11ου αιώνα.

Ο ναός ανήκει στον τύπο της τρίκλιτης ξυλόστεγης βασιλικής με υποτυπώδες εγκάρσιο κλίτος. Στη σημερινή του μορφή δεν διασώζει το νότιο κλίτος, ωστόσο, ανασκαφική έρευνα κατά μήκος της νότιας πλευράς έχει αποκαλύψει τα θεμέλιά του, καθώς και τμήμα του νάρθηκα. Ο κυρίως ναός επικοινωνούσε μέσω τρίβηλου ανοίγματος με το νάρθηκα, που αναπτύσσεται στα δυτικά και καταλαμβάνει ολόκληρο το πλάτος του ναού. Στα ανατολικά προεξέχει η ημικυκλική αψίδα του ιερού βήματος, όπου ανοίγεται τρίλοβο παράθυρο, ενώ τα παραβήματα είναι χωρίς κόγχες. Ιδιαίτερα σημαντικός είναι ο σωζόμενος ζωγραφικός διάκοσμος του μνημείου, ο οποίος πραγματοποιήθηκε σε διάφορες περιόδους. Με εξαίρεση την παράσταση του Χριστού Χαλκίτη στη δυτική πρόσοψη του βόρειου πεσσού του ιερού, που μπορεί να αποδοθεί στην υστεροκομνήνεια περίοδο, το μεγαλύτερο μέρος του διακόσμου χρονολογείται στο 13ο αιώνα και, ειδικότερα, στις περιόδους 1215/6-1224/5 και 1270-1290. Οι τοιχογραφίες, που κοσμούν τον ανατολικό τομέα του βόρειου κλίτους, ανάγονται στο 1320.

Κατά την οθωμανική περίοδο, ο ναός μετατράπηκε σε μουσουλμανικό τέμενος και προσέλαβε την επωνυμία Χουνκιάρ Τζαμί. Στη φάση αυτή, το μνημείο απέκτησε μιναρέ και επιχρίσθηκε εσωτερικά και εξωτερικά.