Ένα από τα σημαντικότερα δημόσια κτήρια της Αγοράς είναι η Θόλος, κυκλικό οικοδόμημα, με έξι κίονες εσωτερικά και πρόπυλο στα ανατολικά που προστέθηκε τον 1ο αι. π.Χ. Ήταν έδρα του σώματος των πενήντα πρυτάνεων, δηλαδή των πενήντα βουλευτών μιας από τις δέκα φυλές, οι οποίες δημιουργήθηκαν από τις πολιτικές μεταρρυθμίσεις του Κλεισθένη το 508/7 π.Χ.

Οι πρυτάνεις ασκούσαν διοίκηση για ένα διάστημα 35 ή 36 ημερών, μετά την πάροδο του οποίου αντικαθίσταντο από ισάριθμους πρυτάνεις άλλης φυλής, ώστε μέχρι το τέλος του έτους εναλλάσσονταν στη διοίκηση βουλευτές και των δέκα φυλών. Η φυλή που διοικούσε ονομαζόταν πρυτανεύουσα και ο πρόεδρός τους, που κληρωνόταν σε ημερήσια βάση, Επιστάτης των Πρυτάνεων.

Κατά τη θητεία τους οι πρυτάνεις εσιτίζοντο στη Θόλο, ενώ το 1/3 εξ αυτών, δηλαδή δεκαεπτά, διανυκτέρευαν στο κτήριο για την αντιμετώπιση έκτακτων αναγκών. Στη Θόλο φυλάσσονταν επίσης τα επίσημα μέτρα και σταθμά του αθηναϊκού κράτους. Η Θόλος εδράστηκε σε προϋπάρχον κτηριακό συγκρότημα των μέσων του 6ου αι. π.Χ., με παρόμοιο λειτουργικό προορισμό, και εγκαταλείφθηκε γύρω στο 400 μ.Χ.