Στο ανατολικό άκρο του ιερού του Δία στη Δωδώνη, περίπου 30 μ. δυτικά από την πύλη του εξωτερικού περιβόλου, βρίσκεται ο ναός του Ηρακλή, εν μέρει κάτω από τη χριστιανική βασιλική Β. Οικοδομήθηκε στις αρχές του 3ου αι. π.Χ., στα χρόνια της βασιλείας του Πύρρου, ο οποίος προσπάθησε να συνδέσει το γένος του με το μυθικό ήρωα, ιδιαίτερα ύστερα από το δεύτερο γάμο του με τη Λάνασσα, κόρη του τυράννου των Συρακουσών, Αγαθοκλή, που καταγόταν από τον Ηρακλή.

Ο ναός είναι ο μεγαλύτερος μετά το ναό του Δία, και ο μοναδικός γνωστός δωρικού ρυθμού στο ιερό. Έχει προσανατολισμό ΒΔ-ΝΑ και διαστάσεις 16,50 x 9,50 μ. Αποτελείται από πρόναο και σηκό, και διαθέτει τέσσερις ή έξι δωρικούς κίονες στην πρόσοψη (τετράστυλος ή εξάστυλος πρόστυλος). Μετά την πυρπόλησή του από τους Αιτωλούς το 219 π.Χ., ανοικοδομήθηκε και τα κατεστραμμένα αρχιτεκτονικά μέλη από μαλακό αμμόλιθο (τρίγλυφα, κιονόκρανα, γείσο) εντοιχίσθηκαν στον τοίχο που χωρίζει τον πρόναο από το σηκό. Ανατολικά του προνάου σώζεται ένα μεγάλο βάθρο, με διαστάσεις 5,70 x 3,20 μ., που ανήκε στο βωμό του ναού.

Τη σχέση του ναού με τη λατρεία του Ηρακλή βεβαιώνουν μερικά αρχαϊστικά χάλκινα ελάσματα που βρέθηκαν στο εσωτερικό του, παραγναθίδες από κράνη, με ανάγλυφη παράσταση της φιλονεικίας του Απόλλωνα και του Ηρακλή για την κατοχή του δελφικού τρίποδα, και ιδίως μία μετόπη από ασβεστόλιθο του 3ου αι. π.Χ., με ανάγλυφη παράσταση του αγώνα του Ηρακλή εναντίον της Λερναίας Ύδρας, που εκτίθεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ιωαννίνων. Στο ανάγλυφο παριστάνεται ο ήρωας να πατεί δυνατά με το δεξί γόνατο το σώμα του θηρίου, που εικονιζόταν δεξιά του, ενώ ένα πλοκάμι της Ύδρας, αριστερά του, προσπαθεί να κάψει με το δαυλό ο Ιόλαος, που βρίσκεται αριστερά του Ηρακλή (διακρίνεται ο δεξιός μηρός του). Κοντά στο δεξιό μηρό του Ηρακλή ένας καρκίνος υπαινίσσεται το έλος της Λέρνας, όπου διαδραματίστηκε η συγκεκριμένη σκηνή.